BRGenomics

DOI:10.18129 / B9.bioc.BRGenomics

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见BRGenomics．

高效分析高分辨率基因组数据的工具

Bioconductor版本:3.13

该软件包为使用标准Bioconductor方法和类分析高分辨率基因组数据提供了有用和高效的实用程序。BRGenomics功能丰富，简化了许多对齐后处理步骤和数据处理。重点是对多个数据集的高效分析，并支持规范化和黑名单。包括以下函数:插入规范化数据;生成基对分辨率读数计数和覆盖数据(例如热图);导入和处理bam文件(例如转换为bigWig文件);生成具有置信区间的元图/元剖面(自举平均剖面);方便地调用DESeq2，而不使用样本盲估计基因离散度;在其他特性中。

作者:Mike DeBerardine [aut, cre]

维护者:Mike DeBerardine

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("BRGenomics")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“BRGenomics”)

超文本标记语言	R脚本	分析多数据集
超文本标记语言	R脚本	全局扰动的DESeq2
超文本标记语言	R脚本	开始
超文本标记语言	R脚本	导入和修改注解
超文本标记语言	R脚本	导入和处理数据
超文本标记语言		概述
超文本标记语言	R脚本	轮廓图和引导
超文本标记语言	R脚本	序列提取
超文本标记语言	R脚本	信号计数
超文本标记语言	R脚本	在归一化
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ATACSeq，ChIPSeq，报道，DataImport，GeneExpression，GeneRegulation，归一化，RNASeq，测序，软件，转录
版本	1.4.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1.5年)
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 4.0)，rtracklayer，GenomeInfoDb，S4Vectors
进口	GenomicRanges平行,IRanges统计数据,Rsamtools，GenomicAlignments，DESeq2，SummarizedExperiment， utils，方法
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat，apeglm，遥控器，ggplot2，reshape2，Biostrings
SystemRequirements
增强了
URL	https://mdeber.github.io
BugReports	https://github.com/mdeber/BRGenomics/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	BRGenomics_1.4.0.tar.gz
Windows二进制	BRGenomics_1.4.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	BRGenomics_1.4.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/BRGenomics
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/BRGenomics
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BRGenomics/
软件包下载报告	下载数据