AllelicImbalance

DOI:10.18129 / B9.bioc.AllelicImbalance

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见AllelicImbalance

研究等位基因特异性表达

Bioconductor版本:3.13

为使用RNA-seq数据进行等位基因特异性表达研究提供了一个框架。

作者:Jesper R Gadin, Lasse Folkersen

维护者:Jesper R Gadin

引文(从R内,输入引用(“AllelicImbalance”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install(" allelic失衡")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“AllelicImbalance”)

PDF R脚本 AllelicImbalance装饰图案
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews 遗传学基础设施测序软件
版本 1.30.0
在Bioconductor BioC 2.13 (R-3.0)(8年)
许可证 GPL-3
取决于 R(>= 4.0.0),网格,GenomicRanges(> = 1.31.8),SummarizedExperiment(> = 0.2.0),GenomicAlignments(> = 1.15.6)
进口 方法,BiocGenericsAnnotationDbiBSgenome(> = 1.47.3),VariantAnnotation(> = 1.25.11),Biostrings(> = 2.47.6),S4Vectors(> = 0.17.25),IRanges(> = 2.13.12),Rsamtools(> = 1.99.3),GenomicFeatures(> = 1.31.3),Gviz晶格latticeExtragridExtraseqinrGenomeInfoDbnlme
链接
建议 testthatorg.Hs.eg.dbTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneSNPlocs.Hsapiens.dbSNP144.GRCh37BiocStyleknitrrmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/pappewaio/AllelicImbalance
BugReports https://github.com/pappewaio/AllelicImbalance/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 AllelicImbalance_1.30.0.tar.gz
Windows二进制 AllelicImbalance_1.30.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) AllelicImbalance_1.30.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/AllelicImbalance
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ allelic失衡
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/AllelicImbalance/
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