APAlyzer

DOI:10.18129 / B9.bioc.APAlyzer

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见APAlyzer．

使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包

Bioconductor版本:3.13

利用RNA-seq数据进行3'UTR APA、内含子APA和基因表达分析。

作者:王瑞佳[cre, aut]，田斌[aut]，钟楚伟[aut]

维护者:王瑞佳

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("APAlyzer")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“APAlyzer”)

超文本标记语言	R脚本	APAlyzer:用于RNA-seq APA分析的工具包
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	注释，DataImport，DifferentialExpression，GeneExpression，GeneRegulation，RNASeq，测序，软件
版本	1.6.0
在Bioconductor	BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证	LGPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)
进口	GenomicRanges，GenomicFeatures，GenomicAlignments，DESeq2，ggrepel，SummarizedExperiment，Rsubread统计数据,ggplot2、方法、rtracklayer，ensembldb，VariantAnnotation，dplyr，tidyr，repmis，Rsamtools
链接
建议	knitr，rmarkdown，BiocStyle，org.Mm.eg.db，AnnotationDbi，TBX20BamSubset，testthat，pasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/
BugReports	https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	APAlyzer_1.6.0.tar.gz
Windows二进制	APAlyzer_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	APAlyzer_1.6.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/APAlyzer
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/APAlyzer
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/APAlyzer/
软件包下载报告	下载数据