APAlyzer

DOI:10.18129 / B9.bioc.APAlyzer

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见APAlyzer

使用RNA-seq数据进行APA分析的工具包

Bioconductor版本:3.13

利用RNA-seq数据进行3'UTR APA、内含子APA和基因表达分析。

作者:王瑞佳[cre, aut],田斌[aut],钟楚伟[aut]

维护者:王瑞佳

引文(从R内,输入引用(“APAlyzer”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("APAlyzer")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“APAlyzer”)

超文本标记语言 R脚本 APAlyzer:用于RNA-seq APA分析的工具包
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews 注释DataImportDifferentialExpressionGeneExpressionGeneRegulationRNASeq测序软件
版本 1.6.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证 LGPL-3
取决于 R (>= 3.5.0)
进口 GenomicRangesGenomicFeaturesGenomicAlignmentsDESeq2ggrepelSummarizedExperimentRsubread统计数据,ggplot2、方法、rtracklayerensembldbVariantAnnotationdplyrtidyrrepmisRsamtools
链接
建议 knitrrmarkdownBiocStyleorg.Mm.eg.dbAnnotationDbiTBX20BamSubsettestthatpasillaBamSubset
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/
BugReports https://github.com/RJWANGbioinfo/APAlyzer/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 APAlyzer_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 APAlyzer_1.6.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) APAlyzer_1.6.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/APAlyzer
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/APAlyzer
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/APAlyzer/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网