ANCOMBC

DOI:10.18129 / B9.bioc.ANCOMBC

这个包是3.13版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅ANCOMBC。

成分分析与偏差纠正肠道菌群

Bioconductor版本:3.13

ANCOMBC是观察到的微生物丰度正常化的包数据由于不平等的跨样本抽样分数,并确定类群(如门、家庭属物种,等等),不同丰富对感兴趣的协变量(如学习小组)两个或两个以上的组之间的多个样本。

作者:林黄(cre, aut),Shyamal Das Peddada (aut)

维护人员:林黄< HUL40 pitt.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“ANCOMBC”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“ANCOMBC”)

HTML	R脚本	ANCOMBC
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DifferentialExpression,微生物组,归一化,测序,软件
版本	1.2.2
Bioconductor自	BioC 3.12 (r - 4.0)(1年)
许可证	艺术- 2.0
取决于
进口	统计数据,质量,nloptr,Rdpack,phyloseq,微生物组
链接
建议	knitr,tidyverse,testthat,DT,magrittr,qwraps2(> = 0.5.0),rmarkdown
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC
BugReports	https://github.com/FrederickHuangLin/ANCOMBC/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	ANCOMBC_1.2.2.tar.gz
Windows二进制	ANCOMBC_1.2.2.zip
macOS 10.13(高山脉)	ANCOMBC_1.2.2.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ANCOMBC
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ ANCOMBC
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ANCOMBC/
包下载报告	下载数据