阿尔卑斯山脉

DOI:10.18129 / B9.bioc.ALPS

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见阿尔卑斯山脉

表观基因组学数据分析例程

Bioconductor版本:3.13

该软件包为全基因组表观基因组学数据(如组蛋白修饰或转录因子ChIP-seq, ATAC-seq, DNase-seq等)提供分析和出版质量可视化例程。包中的函数可以用于任何类型的数据,这些数据可以用任何分辨率的bigwig文件表示。ALPS的目标是在不离开R环境的情况下为大多数下游分析提供分析工具,包中的大多数工具只需使用基本的R、unix或excel技能即可准备。

作者:Venu Thatikonda, Natalie Jäger

维护者:Venu Thatikonda

引文(从R内,输入引用(“阿尔卑斯山”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ALPS")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“阿尔卑斯山”)

超文本标记语言 R脚本 ALPS-vignette
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews ATACSeqChIPSeq表观遗传学HistoneModification测序软件转录可视化
版本 1.5.0
在Bioconductor BioC 3.10 (R-3.6)(2年)
许可证 MIT +文件许可证
取决于 R (>= 3.6)
进口 为了BiocParallelChIPseekercorrplotdata.tabledplyrGenomicRangesGGallygenefiltergghalvesggplot2ggseqlogoGvizmagrittrorg.Hs.eg.dbplyrreshape2rtracklayer统计数据,stringr宠物猫tidyrTxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGeneTxDb.Hsapiens.UCSC.hg38.knownGene,跑龙套
链接
建议 knitrrmarkdownComplexHeatmapcirclizetestthat
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/itsvenu/ALPS
BugReports https://github.com/itsvenu/ALPS/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 ALPS_1.5.0.tar.gz
Windows二进制 ALPS_1.5.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ALPS_1.5.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ALPS
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ALPS
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ALPS/
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