ADImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADImpute

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本，请参见ADImpute．

自适应输出输入器(ADImpute)

Bioconductor版本:3.13

单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法通常无法量化一个细胞中所有基因的表达水平，因此需要对缺失值进行计算预测(“dropout imputation”)。大多数现有的dropout imputation方法仅使用手边的scRNA-seq数据集，而不利用外部基因-基因关系信息，这在某种意义上是有限的。在这里，我们提出了两种新方法:基于基因调节网络的方法，使用从外部数据学习的基因-基因关系，以及对应于样本范围平均的基线方法。ADImpute可以实现这些新方法，也可以将它们与现有的imputation方法相结合(目前支持:DrImpute, SAVER)。ADImpute可以学习每个基因表现最好的方法，并将不同方法的结果组合成一个集合。

作者:Ana Carolina Leote [cre, aut]

维护者:Ana Carolina Leote

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ADImpute")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“ADImpute”)

超文本标记语言	R脚本	ADImpute教程
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	GeneExpression，网络，预处理，测序，SingleCell，软件，转录组
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证	GPL-3 +文件许可证
取决于	R (>= 4.0)
进口	使彻底失败，BiocParallel，data.table，DrImpute，kernlab，质量，矩阵、方法、rsvd，S4Vectors，储蓄者，SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/anacarolinaleote/ADImpute/issues
全靠我
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构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	ADImpute_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	ADImpute_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	ADImpute_1.2.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADImpute
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ADImpute
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/ADImpute/
软件包下载报告	下载数据