ADImpute

DOI:10.18129 / B9.bioc.ADImpute

此包适用于Bioconductor 3.13版;有关稳定的最新发布版本,请参见ADImpute

自适应输出输入器(ADImpute)

Bioconductor版本:3.13

单细胞RNA测序(scRNA-seq)方法通常无法量化一个细胞中所有基因的表达水平,因此需要对缺失值进行计算预测(“dropout imputation”)。大多数现有的dropout imputation方法仅使用手边的scRNA-seq数据集,而不利用外部基因-基因关系信息,这在某种意义上是有限的。在这里,我们提出了两种新方法:基于基因调节网络的方法,使用从外部数据学习的基因-基因关系,以及对应于样本范围平均的基线方法。ADImpute可以实现这些新方法,也可以将它们与现有的imputation方法相结合(目前支持:DrImpute, SAVER)。ADImpute可以学习每个基因表现最好的方法,并将不同方法的结果组合成一个集合。

作者:Ana Carolina Leote [cre, aut]

维护者:Ana Carolina Leote

引文(从R内,输入引用(“ADImpute”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.1”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("ADImpute")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

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browseVignettes(“ADImpute”)

超文本标记语言 R脚本 ADImpute教程
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews GeneExpression网络预处理测序SingleCell软件转录组
版本 1.2.0
在Bioconductor BioC 3.12 (R-4.0)(1年)
许可证 GPL-3 +文件许可证
取决于 R (>= 4.0)
进口 使彻底失败BiocParalleldata.tableDrImputekernlab质量矩阵、方法、rsvdS4Vectors储蓄者SingleCellExperiment统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiocStyleknitrrmarkdowntestthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/anacarolinaleote/ADImpute/issues
全靠我
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包档案

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源包 ADImpute_1.2.0.tar.gz
Windows二进制 ADImpute_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) ADImpute_1.2.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/ADImpute
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/ADImpute
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/ADImpute/
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