HDF5Array.

DOI：10.18129 / b9.bioc.hdf5array

这是发展版本的HDF5Array;对于稳定的版本版本，请参阅HDF5Array.。

HDF5 DelayedArray对象的后端

Bioconductor版本：开发（3.13）

Implement the HDF5Array, H5SparseMatrix, H5ADMatrix, and TENxMatrix classes, 4 convenient and memory-efficient array-like containers for representing and manipulating either: (1) a conventional (a.k.a. dense) HDF5 dataset, (2) an HDF5 sparse matrix (stored in CSR/CSC/Yale format), (3) the central matrix of an h5ad file (or any matrix in the /layers group), or (4) a 10x Genomics sparse matrix. All these containers are DelayedArray extensions and thus support all operations (delayed or block-processed) supported by DelayedArray objects.

作者：HervéPagès

维护者：HervéPagès

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“4.1”）并输入：

if（！quancamespace（“biocmanager”，squilly = true））install.packages（“biocmanager”）＃下面初始化buoc devel biocmanager :: install的使用（版本='devel'）biocmanager ::安装（“hdf5array”）

对于旧版本，请参阅相应的生物导体释放。

文件

PDF.		参考手册
文本		消息

细节

Biocviews.	注解那覆盖范围那DataImport.那datarepresentation.那GenomeanNotation.那免疫学那基础设施那rnaseq.那测序那SingleCell.那软件
版本	1.19.15
在生物导体中以来	BIOC 3.3（R-3.3）（5年）
执照	艺术-2.0 +文件src / lzf / license.txt
依靠	R（> = 3.4），方法，delayedarray（> = 0.15.16），RHDF5.（> = 2.31.6）
进口	Utils，stats，工具，矩阵那生物根系（> = 0.31.5），S4Vectors.那绞喉
链接到	S4Vectors.（> = 0.27.13），RHDF5LIB.
建议	生物相投那Genomicranges.那概括分析（> = 1.15.1），h5vcdata.那实验室那tenxbraindata.那Zellkonverter.那基因组法那运行那SinglecellexPeriment.
系统要求	GNU制作
加强
URL.	https://biocumon.org/packages/hdf5array.
Bugreports.	https://github.com/bioconductor/hdf5array/issues.
取决于我	genogam.那薄巴那tenxbraindata.那tenxpbmcdata.
进口我	Biscuiteer.那BSSeq.那丁浓缩那CutatedTCGADATA.那Cytomapper.那Dropletuls.那弗雷泽那基因组织那glmgampoi.那GSVA.那hcadata.那索细那mafh5.gnomad.r3.0.grch38.那methrix.那methylseqdata.那Minfi.那MOFA2.那netsmooth那彻底甲基化那抚慰那斯克里那签名探索那singlecell multimodal.那spatialheatmap.
建议我	Biocsklearn.那delayedarray那delayedmatrixstats那我懂了那桅杆那MBKmeans.那代谢莫罗马族营运票那MultiAsaySayexperiment.那PDATK.那qfeatures.那骗子那斯那芝麻那概括分析那Zellkonverter.
链接给我
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包档案包

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源包	hdf5array_1.19.15.tar.gz.
Windows二进制文件	hdf5array_1.19.15.zip.
Macos 10.13（高塞拉）
源存储库	git clone https://git.biocumon.org/packages/hdf5array.
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.biocondion.org：包/ HDF5Array
包短网址	https://biocumon.org/packages/hdf5array/
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