变体

DOI:10.18129 / B9.bioc.variants

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅变体

注释的基因变异

Bioconductor版本:3.12

读和写的VCF文件。识别结构变异的位置和计算氨基酸编码变更为非同义变体。使用筛选和PolyPhen数据库包氨基酸编码变更的预测结果

作者:Bioconductor包维护者(cre)

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

从内部引用(R,回车引用(“变异”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“变异”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes(“变异”)

HTML R脚本 注释的基因变异

细节

biocViews AnnotationWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流
版本 1.13.0
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (> = 3.3.0),VariantAnnotation,cgdv17,org.Hs.eg.db,TxDb.Hsapiens.UCSC.hg19.knownGene,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,PolyPhen.Hsapiens.dbSNP131
进口
链接
建议 knitr,rmarkdown,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/variants/
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 variants_1.13.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/variants
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/变体
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/variants/
包下载报告 下载数据

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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
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