测序
DOI:10.18129 / B9.bioc.sequencing
此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见测序．
序列数据生物导体简介
Bioconductor版本:3.12
Bioconductor能够分析和理解高通量的基因组数据。我们有大量的软件包，允许对大数据进行严格的统计分析，同时牢记技术工件。Bioconductor帮助用户将分析结果置于生物学环境中，并提供丰富的可视化机会。再现性是生物导体分析的一个重要目标。例如，使用Bioconductor可以进行不同类型的分析;测序:RNASeq、ChIPSeq、变体、拷贝数等;微阵列:表达、SNP等;领域特异性分析:流式细胞术、蛋白质组学等。对于这些分析，通常会导入并使用各种与序列相关的文件类型，包括fasta、fastq、BAM、gtf、bed和wig文件等等。Bioconductor软件包支持导入、常见和高级序列操作，如修整、转换和校准，包括质量评估。
作者:Sonali Arora [aut]， Martin Morgan [aut]， Bioconductor Package Maintainer [cre]
维护者:Bioconductor Package维护者< Maintainer at Bioconductor .org>
引文(从R内，输入引用(测序))：
安装
要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sequencing")
对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．
文档
要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:
browseVignettes(测序)
| 超文本标记语言 | R脚本 | 序列数据生物导体简介 |
细节
| biocViews | BasicWorkflow,ImmunoOncologyWorkflow,工作流 |
| 版本 | 1.14.0 |
| 许可证 | 艺术- 2.0 |
| 取决于 | R (>= 3.3.0)，GenomicRanges,GenomicAlignments,Biostrings,Rsamtools,ShortRead,BiocParallel,rtracklayer,VariantAnnotation,AnnotationHub,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19,RNAseqData.HNRNPC.bam.chr14 |
| 进口 | |
| 链接 | |
| 建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle |
| SystemRequirements | |
| 增强了 | |
| URL | //www.anjoumacpherson.com/help/workflows/sequencing/ |
| 全靠我 | |
| 进口我 | |
| 建议我 | |
| 链接到我 |
包档案
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
| 源包 | sequencing_1.14.0.tar.gz |
| Windows二进制 | |
| macOS 10.13 (High Sierra) | |
| 源库 | Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sequencing |
| 源存储库(开发人员访问) | Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sequencing |
| 包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/sequencing/ |
| 软件包下载报告 | 下载数据 |
