methylationArrayAnalysis

DOI:10.18129 / B9.bioc.methylationArrayAnalysis

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见methylationArrayAnalysis．

用于分析甲基化阵列数据的跨包Bioconductor工作流。

Bioconductor版本:3.12

众所周知，人类基因组的甲基化与发育和疾病有关。Illumina Infinium甲基化阵列是迄今为止最常用的方法来检查人类基因组的甲基化。这个Bioconductor工作流使用多个包来分析甲基化阵列数据。具体地说，我们演示了一个典型的差异甲基化分析管道所涉及的步骤，包括:质量控制、过滤、归一化、数据探索和探针差异甲基化的统计测试。我们进一步概述了其他分析，如区域的差异甲基化，差异变异性分析，估计细胞类型组成和基因本体测试。最后，我们提供了一些如何可视化甲基化阵列数据的例子。

作者:Jovana Maksimovic [aut, cre]

维护者:Jovana Maksimovic < Jovana。马克西莫维奇在McRi.edu.au >

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“methylationArrayAnalysis”)

超文本标记语言

R脚本

用于分析甲基化阵列数据的跨包Bioconductor工作流

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow，工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，knitr，rmarkdown，BiocStyle，limma，minfi，IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19，IlluminaHumanMethylation450kmanifest，RColorBrewer，missMethyl，matrixStats，minfiData，Gviz，DMRcate，stringr，FlowSorted.Blood.450k
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	methylationArrayAnalysis_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/methylationArrayAnalysis
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/methylationArrayAnalysis
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/methylationArrayAnalysis/
软件包下载报告	下载数据