该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅氟化物学。
生物导体版本:3.12
使用plyranges和tximeta包进行的扩展工作流程进行流利的基因组数据分析。使用tximeta正确导入RNA-Seq转录本定量,并将其汇总到基因计数以进行下游分析。使用plyranges清楚地表达对基因组坐标的操作,并结合差异表达和差异可访问性分析的结果。
作者:Stuart Lee [AUT,CRE],迈克尔·洛夫[AUT,CTB]
维护者:Stuart Lee
引用(从r内,输入引用(“荧光基因组”)
):
要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:
if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ fluentgenomics”)
对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放。
要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:
Browsevignettes(“ FulentGenomics”)
html | R脚本 | 氟化物学 |
文本 | 消息 | |
文本 | 执照 |
生物浏览 | BasicWorkFlow,,,,geneexpressionworkflow,,,,工作流程 |
版本 | 1.2.0 |
执照 | 麻省理工学院 +文件执照 |
要看 | R(> = 4.0) |
进口 | plyranges(> = 1.7.7),dplyr,,,,总结性特征,,,,readr,统计,utils |
链接 | |
建议 | 尼特,,,,rmarkDown,,,,预订,,,,Rappdirs,,,,Biocfilecache,,,,deseq2,,,,林玛,,,,GGPLOT2,,,,花花公子,,,,tximeta(> = 1.4.2),巨噬细胞(> = 1.2.0) |
系统要求 | |
增强 | |
URL | https://github.com/sa-lee/fluentgenomics |
BugReports | https://github.com/sa-lee/fluentgenomics/issues |
取决于我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 |
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
源包 | fluentgenomics_1.2.0.tar.gz |
Windows二进制 | |
MacOS 10.13(高山脉) | |
源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/fluentgenomics |
源存储库(开发人员访问) | git clone git@git.bioconductor.org:packages/fluentgenomics |
包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/fluentgenomics/ |
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