csawUsersGuide

DOI:10.18129 / B9.bioc.csawUsersGuide

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅csawUsersGuide。

csaw用户指南

Bioconductor版本:3.12

用户指南csaw包检测ChIP-seq绑定不同地区的数据。描述如何读入BAM文件获得每个窗口数矩阵,过滤获得丰富的windows,正常化sample-specific偏见,测试微分绑定,每个窗口获得按区域统计结果整合,注释和可视化的数据库结果。

作者:亚伦Lun (aut (cre)

维护人员:亚伦Lun < infinite.monkeys.with。键盘在gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“csawUsersGuide”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“csawUsersGuide”)

PDF

R脚本

用户指南

细节

biocViews	EpigeneticsWorkflow,工作流
版本	1.6.0
许可证	GPL-3
取决于
进口
链接
建议	csaw,chipseqDBData,刨边机,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm10.knownGene,org.Mm.eg.db,rtracklayer,Rsamtools,Gviz,knitr,BiocStyle
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	csawUsersGuide_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/csawUsersGuide
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ csawUsersGuide
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/csawUsersGuide/
包下载报告	下载数据