RnaSeqGeneEdgeRQL

DOI:10.18129 / B9.bioc.RnaSeqGeneEdgeRQL

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见RnaSeqGeneEdgeRQL．

使用Rsubread和edgeR准似然管道进行基因水平RNA-seq差异表达和通路分析

Bioconductor版本:3.12

该工作流包通过其小插图提供了使用Rsubread和edgeR包的RNA-Seq实验的完整案例研究分析。工作流程从读取对齐开始，继续到数据探索，到差分表达式，最后到路径分析。分析包括出版质量图、GO和KEGG分析，以及对先前实验生成的表达式签名的分析。

作者:陈云顺，Aaron Lun, Gordon Smyth

维护者:陈云顺

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("RnaSeqGeneEdgeRQL")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“RnaSeqGeneEdgeRQL”)

超文本标记语言

R脚本

从reads到基因到通路:RNA-Seq实验的差异表达分析，使用Rsubread和edgeR准似然管道

细节

biocViews	GeneExpressionWorkflow，ImmunoOncologyWorkflow，工作流
版本	1.14.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.3.0)，刨边机，gplots，org.Mm.eg.db，GO.db，BiocStyle
进口
链接
建议	knitr，knitcitations
SystemRequirements
增强了
URL	http://f1000research.com/articles/5-1438
全靠我
进口我
建议我
链接到我

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	RnaSeqGeneEdgeRQL_1.14.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/RnaSeqGeneEdgeRQL
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/RnaSeqGeneEdgeRQL/
软件包下载报告	下载数据