CAGEWorkflow

DOI:10.18129 / B9.bioc.CAGEWorkflow

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅CAGEWorkflow。

一个按部就班的指导,分析使用R / Bioconductor笼数据

Bioconductor版本:3.12

工作流分析上限分析基因表达使用R / Bioconductor(笼)数据。

作者:马尔特Thodberg (aut (cre)

维护人员:马尔特Thodberg < maltethodberg gmail.com >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“CAGEWorkflow”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“CAGEWorkflow”)

HTML	R脚本	CAGEWorkflow
文本		新闻

细节

biocViews	AnnotationWorkflow,GeneExpressionWorkflow,工作流
版本	1.6.0
许可证	GPL-3
取决于	R (> = 3.6.0),CAGEfightR,纳米管
进口
链接
建议	knitr,kableExtra,rmarkdown,BiocStyle,BiocWorkflowTools,pheatmap,ggseqlogo,冬青,magrittr,ggforce,ggthemes,tidyverse,dplyr,GenomicRanges,SummarizedExperiment,GenomicFeatures,BiocParallel,InteractionSet,Gviz,DESeq2,limma,刨边机,statmod,BiasedUrn,股东价值分析,TFBSTools,motifmatchr,pathview,BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm9,TxDb.Mmusculus.UCSC.mm9.knownGene,org.Mm.eg.db,JASPAR2016,png
SystemRequirements
增强了
URL
取决于我
进口我
建议我
我的链接

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	CAGEWorkflow_1.6.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/CAGEWorkflow
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ CAGEWorkflow
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/CAGEWorkflow/
包下载报告	下载数据