Bioconductor工作流包

Bioconductor版本:发布(3.12)

维护人员 标题
注释 Bioconductor包维护者 基因组注释资源
数组 Bioconductor包维护者 利用生物导体进行微阵列分析
BiocMetaWorkflow 迈克•史密斯 BioC工作流关于发布BioC工作流
BP4RNAseq 令太阳 可重复的RNA-seq分析的保姆包
CAGEWorkflow 马尔特Thodberg 使用R/Bioconductor分析笼内数据的一步一步指南
chipseqDB 亚伦Lun 检测ChIP-seq数据中差异绑定的生物导体工作流程
csawUsersGuide 亚伦Lun csaw用户指南
cytofWorkflow 马克·d·罗宾逊 CyTOF工作流程:在高通量高维细胞术数据集的差异发现
EGSEA123 马修·里奇 简易高效的EGSEA集成基因集测试
eQTL 文森特·凯里 使用Bioconductor GGtools 5.x进行云支持的cis-eQTL搜索
ExpressionNormalizationWorkflow Karthikeyan Murugesan 基因表达规范化流程
fluentGenomics 斯图尔特•李 一个plyranges和txima工作流
generegulation Bioconductor包维护者 通过序列匹配找到已知转录因子的候选结合位点
highthroughputassays Bioconductor包维护者 使用高通量测定的生物导体
liftOver Bioconductor包维护者 使用rtracklayer::liftOver改变基因组坐标系统
maEndToEnd 斯蒂芬妮Reisenauer 使用Affymetrix微阵列进行差异基因表达的端到端工作流程
methylationArrayAnalysis Jovana Maksimovic 分析甲基化阵列数据的跨包生物导体工作流程。
蛋白质组学 劳伦特与 质谱和蛋白质组学数据分析
recountWorkflow 莱昂纳多Collado-Torres 重新计算工作流程:使用Bioconductor访问超过70,000个人类RNA-seq样本
RNAseq123 马修·里奇 RNA-seq分析很容易,就像1-2-3与limma, Glimma和edgeR
rnaseqDTU 迈克尔的爱 三文鱼定量后差异转录本使用的RNA-seq工作流程
rnaseqGene 迈克尔的爱 RNA-seq工作流程:基因水平探索性分析和差异表达
RnaSeqGeneEdgeRQL Yunshun陈 基因水平RNA-seq差异表达和通路分析使用Rsubread和edgeR准似然管道
测序 Bioconductor包维护者 序列数据的生物导体简介
simpleSingleCell 亚伦Lun 使用Bioconductor对单细胞RNA-seq数据进行低级分析的逐步工作流程
SingscoreAMLMutations Dharmesh d Bhuva 利用singscore从转录组特征预测AML突变
TCGAWorkflow 蒂亚戈Chedraoui席尔瓦 TCGA工作流使用Bioconductor软件包分析癌症基因组学和表观基因组学数据
变体 Bioconductor包维护者 注释的基因变异

»

Bioconductor的稳定,每半年发布:

Bioconductor亦可透过码头工人Amazon Machine Images

开发版»

正在开发的生物导体包:

开发人员资源: