该软件包提供了以下10倍基因组学数据集的条形码,UMI和SET(BUS)格式:

原始FASTQ文件已经被处理为总线格式,该表格是具有以下列的表:条形码,UMI,等价类/set和计数(即相同条形码,UMI和SET的读数)。数据集已上传到实验室。该小插图演示了如何使用此软件包下载上面的第一个数据集。看到Busparse网站有关更详细的小插曲。

库(tenxbusdata)库(实验室)#>加载所需的软件包:Biocgenerics#>加载所需的软件包:Parallel#>#>附加包:'Biocgenerics'#>从'软件包:Parallel':parallel':#>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>clusterApply, clusterApplyLB, clusterCall, clusterEvalQ, #> clusterExport, clusterMap, parApply, parCapply, parLapply, #> parLapplyLB, parRapply, parSapply, parSapplyLB #> The following objects are masked from 'package:stats': #> #> IQR, mad,SD,var,Xtabs#>以下对象从“软件包:base”:#>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>>> as append,#as.data.frame,basename,cbind,cbind,colnames,dirname,do.call,#>重复,eval,evalq,get,grep,grep,grepl,grepl,Intersect,is.unsorted,#> lapply,mapply,mapply,mapply,match,met,mget,cort,pere,pmax,pmax,pmax,pmax.int,pmax.int,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,pmin,,#> pmin.int,等级,rbind,rownames,sapply,setdiff,setdiff,sort,table,#> tapply,union,union,union,unsplit,who.max,who.min#>加载必需软件包:AnnotationHub#>加载必需PACKAGE:Biocfilecache#>加载所需的包装:DBPLYR

查看此软件包可用哪些数据集。

eh < -  perverimentHub()#> snapshotdate():2020-10-02 listresources(eh,“ tenxbusdata”)#>> [1]” 100 1:1新鲜冷冻的人(HEK293T)和小鼠(NIH3T3)细胞的混合物”#> [2]“ 1k 1:1新鲜冷冻人(HEK293T)和小鼠(NIH3T3)细胞(V3化学)的混合物“#>> [3]” 1K PBMC来自健康供体(V3化学)“#>>> [4]“来自E18小鼠(V3化学)的10K脑细胞”

在此小插图中,我们下载了100个单元数据集。这力量即使已经存在文件,参数也会强制重新下载。

tenxbusdata(“。”,dataset =“ hgmm100”,force = true)#> snapshotdate():2020-10-02#>请参阅?资源#>从缓存中加载#>下载的文件在/tmp/rtmpzewc3j/rbuilde987Adaff0f/tenxbusdata/vignettes/out_hgmm100#> [1]“/tmp/tmp/rtmpz3j/rbuilde987Adaff0Fusetts0fbusthaffs0fhhgmm100#> [1]

下载了哪些文件?

list.files(“ ./ out_hgmm100”)#> [1]“ matrix.ec”“ output.Sorted”“ output.sorted.txt”#> [4]“ Transcripts.txt”

这些应该足以构建带包装的稀疏矩阵Busparse