# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr) opts_chunk美元集(= "发表评论,消息= FALSE,警告= FALSE, tidy.opts = (keep.blank列表。行= TRUE, width.cutoff = 150),选择(宽度= 150),eval = FALSE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #源(“//www.anjoumacpherson.com/biocLite.R”) # biocLite (RTCGA) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - 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- - - - - - - - - - - - - - - - - #列表。文件(“data2 ") % > % #文件。路径(“data2”。) % > % #文件。重命名(= substr(= 1开始,停止= 50))# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #列表。文件(“data2 ") % > % #文件。路径(“data2”。) % > % #酸式焦磷酸钠(函数(x){#如果(x = = data2 / NA) # file.remove (x) #}) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #列表。文件(“data2 ") % > % #文件。路径(“data2”。) % > % #酸式焦磷酸钠(函数(x){#文件。路径(x, list.files (x)) % > % # grep(模式= "清单。txt”, x =值= TRUE) % > % # file.remove ()}) # # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # list.files (“data2 ") % > % #文件。路径(“data2”。) % > % #酸式焦磷酸钠(函数(y){#文件。路径(y, list.files (y) % > % #分配(value = # x = paste0 (list.files (y) % > % # gsub (x =, = #模式“\ \ . .*”,#替换= " ")% > % # gsub (x =。, pattern="-", replacement = "_"), # ".rnaseq.path"), # envir = .GlobalEnv) # }) ## ---- eval=FALSE------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # ls() %>% # grep("rnaseq\\.path", x = ., value = TRUE) %>% # sapply(function(element){ # tryCatch({ # readTCGA(get(element, envir = .GlobalEnv), # dataType = "rnaseq") %>% # assign(value = ., # x = sub("\\.path", "", x = element), # envir = .GlobalEnv ) # }, error = function(cond){ # cat(element) # }) # invisible(NULL) # } # ) ## ---- eval=FALSE------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------------ # grep( "rnaseq", ls(), value = TRUE) %>% # grep("path", x=., value = TRUE, invert = TRUE) %>% # cat( sep="," ) #can one to it better? as from use_data documentation: # # ... Unquoted names of existing objects to save # devtools::use_data(ACC.rnaseq,BLCA.rnaseq,BRCA.rnaseq, # CESC.rnaseq,CHOL.rnaseq,COADREAD.rnaseq, # COAD.rnaseq,DLBC.rnaseq,ESCA.rnaseq, # GBMLGG.rnaseq,GBM.rnaseq,HNSC.rnaseq, # KICH.rnaseq,KIPAN.rnaseq,KIRC.rnaseq, # KIRP.rnaseq,LAML.rnaseq,LGG.rnaseq, # LIHC.rnaseq,LUAD.rnaseq,LUSC.rnaseq, # OV.rnaseq,PAAD.rnaseq,PCPG.rnaseq, # PRAD.rnaseq,READ.rnaseq,SARC.rnaseq, # SKCM.rnaseq,STAD.rnaseq,STES.rnaseq, # TGCT.rnaseq,THCA.rnaseq,THYM.rnaseq, # UCEC.rnaseq,UCS.rnaseq,UVM.rnaseq, # # overwrite = TRUE, # compress="xz")