# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(knitr) opts_chunk美元集(= "发表评论,消息= FALSE,警告= FALSE, tidy.opts = (keep.blank列表。行= TRUE, width.cutoff = 150),选择(宽度= 150),缓存= TRUE, eval = FALSE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(“RTCGA.cnv”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # get.region.cnv.score < -函数(=“12”,从而向开始= 69240000,停止= 69200000){# list_cnv < -数据(包=“RTCGA.cnv”) #数据集< - list_cnv $ results(“项目”)# #过滤< -拉普(数据集,函数(dataname) {# tmp < - (dataname) # tmp < - tmp (tmp染色体= =空空的美元)# tmp < - tmp [pmin (tmp美元开始,tmp结束美元)< = pmax(停止、开始)& pmax (tmp美元开始,tmp结束美元)> = pmin(停止、开始)]# data.frame (tmp,队列= dataname) #}) # #。调用(rbind、过滤)#}# MDM2。分数< - get.region.cnv.score(对应=“12”,开始= 69240000,停止= 69200000)# # #每个病人只有一个# MDM2。分数示例< - substr (MDM2美元。几十美元样本,1、12)# MDM2。分数< - MDM2.scores[!复制(MDM2.scores样本美元),]# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #截止< -日志(3)/日志(2)1 # MDM2cuted < -削减(MDM2。分数Segment_Mean美元,c(0,截止,正),标签= c(“< = 3”、“> 3”)) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #表(MDM2。几十美元队列,MDM2cuted)