curatedTCGAData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedTCGAData

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见curatedTCGAData

来自癌症基因组图谱(TCGA)作为多分析实验对象的策展数据

Bioconductor版本:3.12

该包提供了来自癌症基因组图谱(TCGA)的公开数据作为MultiAssayExperiment对象。MultiAssayExperiment集成了多种分析(如RNA-seq,拷贝数,突变,microRNA,蛋白质等)与临床/病理数据。它还将分析条形码与患者标识符连接起来,在整个多组学实验中实现行(特征)和列(患者/样本)的协调子集。

作者:Marcel Ramos [aut, cre], Levi Waldron [ctb], Lucas Schiffer [ctb], Ludwig Geistlinger [ctb], Valerie Obenchain [ctb], Martin Morgan [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

引文(从R内,输入引用(“curatedTCGAData”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("curatedTCGAData")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“curatedTCGAData”)

超文本标记语言 R脚本 curatedTCGAData
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews CancerDataExperimentDataExperimentHubHomo_sapiens_DataReproducibleResearch
版本 1.12.1
许可证 艺术- 2.0
取决于 R (>= 3.5.0),MultiAssayExperiment
进口 AnnotationHubExperimentHubHDF5Array、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议 BiocStyleknitrRaggedExperimentreadrrmarkdownTCGAutilstestthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports https://github.com/waldronlab/curatedTCGAData/issues
全靠我
进口我 意大利苦杏酒BiocOncoTK
建议我 CNVRanger德科glmSparseNetnetDxTCGAutils
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 curatedTCGAData_1.12.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedTCGAData
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/curatedTCGAData
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/curatedTCGAData/
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