curatedTCGAData

DOI:10.18129 / B9.bioc.curatedTCGAData

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见curatedTCGAData．

来自癌症基因组图谱(TCGA)作为多分析实验对象的策展数据

Bioconductor版本:3.12

该包提供了来自癌症基因组图谱(TCGA)的公开数据作为MultiAssayExperiment对象。MultiAssayExperiment集成了多种分析(如RNA-seq，拷贝数，突变，microRNA，蛋白质等)与临床/病理数据。它还将分析条形码与患者标识符连接起来，在整个多组学实验中实现行(特征)和列(患者/样本)的协调子集。

作者:Marcel Ramos [aut, cre]， Levi Waldron [ctb]， Lucas Schiffer [ctb]， Ludwig Geistlinger [ctb]， Valerie Obenchain [ctb]， Martin Morgan [ctb]

维护者:Marcel Ramos < Marcel。Ramos在roswellpark.org>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("curatedTCGAData")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“curatedTCGAData”)

超文本标记语言	R脚本	curatedTCGAData
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	CancerData，ExperimentData，ExperimentHub，Homo_sapiens_Data，ReproducibleResearch
版本	1.12.1
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (>= 3.5.0)，MultiAssayExperiment
进口	AnnotationHub，ExperimentHub，HDF5Array、方法、S4Vectors统计数据,SummarizedExperiment,跑龙套
链接
建议	BiocStyle，knitr，RaggedExperiment，readr，rmarkdown，TCGAutils，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
BugReports	https://github.com/waldronlab/curatedTCGAData/issues
全靠我
进口我	意大利苦杏酒，BiocOncoTK
建议我	CNVRanger，德科，glmSparseNet，netDx，TCGAutils
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	curatedTCGAData_1.12.1.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13 (High Sierra)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/curatedTCGAData
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/curatedTCGAData
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/curatedTCGAData/
软件包下载报告	下载数据