HMP2Data

DOI:10.18129 / B9.bioc.HMP2Data

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅HMP2Data。

16 s rRNA测序数据从人类微生物组项目2

Bioconductor版本:3.12

HMP2Data Bioconductor包人类微生物组的项目2 (HMP2) 16 s rRNA测序数据。处理过的数据提供phyloseq、SummarizedExperiment MultiAssayExperiment类对象。个人矩阵和data.frames用于构建这些S4类对象也提供的包。

作者:约翰••史坦斯费尔德在vcu.edu < stansfieldjc > Ekaterina Smirnova <叶。在vcuhealth.org smirnova >,Ni Zhao , Jennifer Fettweis , Levi Waldron , Mikhail Dozmorov

维修工:约翰•史坦斯费尔德< stansfieldjc vcu.edu >, Ekaterina Smirnova <叶。在vcuhealth.org smirnova >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“HMP2Data”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

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browseVignettes (“HMP2Data”)

HTML	R脚本	HMP2Data
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	ExperimentData,Homo_sapiens_Data,MicrobiomeData,ReproducibleResearch,SequencingData
版本	1.4.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.6.0)
进口	AnnotationHub,为了,dplyr,ExperimentHub,kableExtra,knitr,magrittr、方法、readr,S4Vectors,SummarizedExperiment,phyloseq,MultiAssayExperiment,data.table
链接
建议	Biobase,BiocCheck,BiocManager,BiocStyle,cowplot,devtools,ggplot2,gridExtra,还,rmarkdown,roxygen2统计数据,testthat,宠物猫,UpSetR
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/jstansfield0/HMP2Data
BugReports	https://github.com/jstansfield0/HMP2Data/issues
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	HMP2Data_1.4.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/HMP2Data
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ HMP2Data
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/HMP2Data/
包下载报告	下载数据