FieldEffectCrc

DOI:10.18129 / B9.bioc.FieldEffectCrc

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅FieldEffectCrc。

肿瘤,tumor-adjacent正常和健康的结直肠转录组SummarizedExperiment对象

Bioconductor版本:3.12

RNA-seq数据处理1139年人类原发性结直肠组织样本在三个表型,包括肿瘤、正常adjacent-to-tumor,健康,可作为突触ID syn22237139在synapse.org上。数据被解析成SummarizedExperiment对象可以通过ExperimentHub促进结果的再现性和扩展丹皮尔et al。(PMCID: PMC7386360, PMID: 32764205)。

作者:克里斯托弗·丹皮尔(aut (cre)Bioconductor包维护者(施)

维修工:克里斯托弗·丹皮尔< chd5n virginia.edu >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“FieldEffectCrc”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“FieldEffectCrc”)

HTML	R脚本	SummarizedExperiments结直肠的转录组
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	ColonCancerData,ExperimentData,ExperimentHub,ExpressionData,Homo_sapiens_Data,RNASeqData,ReproducibleResearch,SequencingData,组织
版本	1.0.0
许可证	艺术- 2.0
取决于	跑龙套
进口	BiocStyle,RUnit,SummarizedExperiment,ExperimentHub(> = 0.99.6),AnnotationHub,DESeq2
链接
建议	knitr,rmarkdown,BiocGenerics,股东价值分析,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/release/bioc/html/FieldEffectCrc.html
BugReports	https://github.com/Bioconductor/FieldEffectCrc/
取决于我
进口我
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	FieldEffectCrc_1.0.0.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/FieldEffectCrc
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/ FieldEffectCrc
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/FieldEffectCrc/
包下载报告	下载数据