BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked

DOI:10.18129 / B9.bioc.BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked。

完整的蒙面基因组序列智人(hg19 UCSC的版本,基于GRCh37.p13)

Bioconductor版本:3.12

完整基因组序列智人(人类)提供的UCSC (hg19,基于GRCh37.p13)并存储在Biostrings对象。BSgenome.Hsapiens.UCSC序列是一样的。hg19,除了他们每个人上面具后的4:(1)装配间隙的面具(AGAPS面具),(2)的面具intra-contig模棱两可(AMB面具),(3)重复的面具RepeatMasker (RM面具),和(4)串联重复序列的重复的面具仪(扶轮基金会面具)。只有AGAPS和AMB面具默认是“活跃”的。

作者:Bioconductor Dev团队

维修工:Bioconductor包维护者<维护者bioconductor.org >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

PDF		参考手册

细节

biocViews	AnnotationData,BSgenome,遗传学,Homo_sapiens
版本	1.3.993
许可证	艺术- 2.0
取决于	R (> = 3.5.0),BSgenome(> = 1.54.0),BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
进口	BSgenome,BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19
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建议我	CNVfilteR,CopyNumberPlots,karyoploteR,r3Cseq,地区,RSVSim,SNPlocs.Hsapiens.dbSNP142.GRCh37
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包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked_1.3.993.tar.gz
Windows二进制
macOS 10.13(高山脉)
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19.masked/
包下载报告	下载数据