### R代码从vignette源的tdt-vignette。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:家庭数据 ################################################### 需要(snpStats)数据(家庭)基因型(pedData负责人 ) ################################################### ### 代码块2号:mis-inheritances ################################################### mis < - misinherits (data = pedData snp.data =基因型)暗(mis ) ################################################### ### 代码块3号:per-subj-snp ################################################### 每。subj <- apply(mis, 1, sum, na.rm=TRUE)snp <- apply(mis, 2, sum, na.rm=TRUE) par(mfrow = c(1,2)) hist(per。subj,main='每个主题的直方图'，xlab='主题')snp,主要=每个snp直方图,xlab = ' snp ') ################################################### ### 代码块数量4:住房 ################################################### fam公司< - pedData [rownames (mis), " familyid "] /。Fam <- tapply(per。Subj, fam, sum) par(mfrow = c(1,1)) hist(per。家人,主要=直方图每个家庭,xlab = '家庭 ') ################################################### ### 代码块5号:tdt-tests ################################################### 测试< - dt。snp(data = pedData, snp。数据=基因型)1df = p.value(测试，1)，p.values。2df = p.value(测试，2))qq.chisq(chi。平方(测试，1)df = 1