### R代码来自Vignette Source'Ca-Vignette.rnw'############################################################### ###代码块数字1：get-data ##########################################################支持$ cc == 0]使用<-seq（1，ncol（snps.10），10）ctl.10 <-snps.10 [控件，使用] ############################################################################<-xxt（ctl.10，procker.for.for.missing = false）############################### ###代码块数字3：eigen ############################################################evals <-evv $ values [1：5] evals ##################################################################################（PCS [，1] 〜POP）BOXPLOT（PCS [，2]〜流行）############################### ###代码块数字5：预先################################################################################### code chunk number 6: post-multiply ################################################### pcs <- snp.post.multiply(snps.10[,use], t(btr)) ################################################### ### code chunk number 7: testing ################################################### cc <- subject.support$cc uncorrected <- single.snp.tests(cc, snp.data=snps.10) corrected <- snp.rhs.tests(cc~pcs[,1], snp.data=snps.10) par(mfrow=c(1,2),cex.sub=0.85) qq.chisq(chi.squared(uncorrected,1), df=1) qq.chisq(chi.squared(corrected), df=1)