# #——回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - knitr:: opts_chunk设置美元(= "发表评论,消息= FALSE,警告= FALSE) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (“BiocManager”) # # BiocManager::安装(“methylGSA”) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(methylGSA) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(IlluminaHumanMethylation450kanno.ilmn12.hg19) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(IlluminaHumanMethylationEPICanno.ilm10b4.hg19) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - (cpgtoy)头(cpg的数据。pval, 20) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - res1 = methylglm (cpg)。pval = cpg。pval minsize = 200,最大尺寸= 500,g。type = " KEGG”)负责人(res1 15) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #它= methylRRA (cpg)。pval = cpg。pval方法=“奥拉”,# minsize = 200,最大尺寸= 210)#头(它,15)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # res3 = methylRRA (cpg)。pval = cpg。pval、方法= " GSEA " # minsize = 200,最大尺寸= 210)#头(res3, 10) # # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - # res4 = methylgometh (cpg)。pval = cpg。# minsize pval sig.cut = 0.001, = 200,最大尺寸= 210)#头(res4, 15) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(GSlisttoy) # #显示紧凑,只显示一组的每个基因比例头(拉普兰人(GS。列表,x (x)函数[1:30]),3)# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - #库(BiocParallel # res_p = methylglm (cpg)。pval = cpg。pval minsize = 200, #最大尺寸= 500,g。type = " KEGG ",并行= TRUE) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(CpG2Genetoy)头(CpG2Gene) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - FullAnnot = prepareAnnot (CpG2Gene) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - GS。= GS列表。[1:10]res5 = methylRRA (cpg列表。pval = cpg。pval, FullAnnot = FullAnnot, method = "ORA", GS.list = GS.list, GS.idtype = "SYMBOL", minsize = 100, maxsize = 300) head(res5, 10) ## ----eval=FALSE--------------------------------------------------------------- # res6 = methylglm(cpg.pval = cpg.pval, array.type = "450K", # GS.type = "Reactome", minsize = 100, maxsize = 110) # head(res6, 10) ## ----------------------------------------------------------------------------- barplot(res1, num = 8, colorby = "pvalue") ## ----sessionInfo-------------------------------------------------------------- sessionInfo()