### R代码从vignette源的可视化。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:找到 ################################################### 库(geneplotter ) ################################################### ### 代码块2号:开始 ################################################### 样本数据(sample.ExpressionSet) eset =。ExpressionSet # legacy naming mytt <- function(y, cov2) {ys <- split(y, cov2) t.test(ys[[1]]， ys[[2]])} ttout <- esApply(eset, 1, mytt, eset$type) s1means <- sapply(ttout, function(x) x$estimate[1]) s2means <- sapply(ttout, function(x) x$estimate[1]) deciles <- quantile(c(s1means, s2means)， probs=seq(0,1，.1)) s1class <- cut(s1means，十分位数)names(s1class) <- names(s1means) s2class <- cut(s2means，十分位数)名称(s2class) < -名称(s2means ) ################################################### ### 代码块3号:季 ################################################### 关口< - dChip.colors (10) def.par < - par(没有。readonly = TRUE)#保存默认值，用于重置…nf < -布局(矩阵(1:3,nr = 1),宽度= c (5 5 2)) chrObj < - buildChromLocation (hgu95av2) cPlot (chrObj) cColor (featureNames (eset)关口s1class, chrObj) cPlot (chrObj) cColor (featureNames (eset)关口s2class, chrObj)图像(1 1:10矩阵(1:10,数控= 10),坳=关口,轴= FALSE, xlab = " ", ylab = " ")轴(2 =(1:10),标签=水平(s1class),拉斯维加斯= 1)(def.par不相上下 ) ################################################### ### 代码块4号:——f22 ################################################### par (mfrow = c (1,1)) mycols < - c(“红”、“暗绿色”、“蓝色”)(eset cov3美元)alongChrom(分野,“1”,chrObj plotFormat =“累积”,上校= mycols)