介绍
尽管多维single-cell-based质量流和血细胞计数已经越来越多地应用于微环境成分和干细胞研究,综合分析工作流促进血细胞计数实验数据的解释仍不发达。我们提出flowSpy,全面R包设计质量流和血细胞计数数据的分析和解释。我们应用flowSpy大规模血细胞计数和时间进程流式细胞仪数据展示的使用和实用价值计算模块。flowSpy是一个可靠的工具,用于多维血细胞计数数据工作流和轨道建设产生引人注目的结果和拟时间估计。
概述flowSpy工作流
flowSpy包开发完成大部分的标准为FCS数据分析和可视化工作流。flowSpy工作流,S4对象R是建立实施统计和计算方法,以及计算模块集成到一个单通道只需要指定输入数据的格式。计算模块flowSpy可以分为四个主要部分组成(图1):预处理、轨迹,分析和可视化。
预处理。数据导入、补偿、质量控制、过滤、规范化和合并单元可以实现不同样品的预处理模块。预处理后,矩阵包含清洁仪信号数据,包含的元信息data.frame实验和一个向量包含所有标记参与计算过程需要构建一个FPSY对象。
轨迹。对细胞建于FSPY对象并到不同的集群基于输入标记的表达水平。你可以选择不同的聚类方法通过输入不同的参数。聚类后,细胞downsampled分群的方式减少总的细胞大小和避免小集群删除。降维细胞和集群也在聚类过程中实现。降维后,我们使用微小的生成树(MST)构建细胞轨迹。
分析。这个模块是时间淡然FCS数据设计。拟时间运行之前,必须定义根细胞首先根据用户的先验知识。根细胞在flowSpy工作流初始轨迹的树。所以它可以设置使用一个顶点树的节点或一群细胞与特定的抗体组合。中间状态的评估也牵扯进来拟时间模块。叶细胞是由轨迹的结束节点树或结束阶段的实验。中间状态细胞是细胞与更高的中间状态图建立在信息连接,连接之间发挥重要作用的根细胞和叶细胞。
可视化。可视化模块可以提供清晰简洁的可视化FCS数据在一个有效的和易于理解的方式。flowSpy包提供了各种绘图函数来生成可定制和可发布的情节。二维或三维图从降维结果最能符合要求。和树型图可以看到细胞轨迹指定布局树。其他特殊情节的热图和小提琴等情节也flowSpy中提供。