# # - - - - - eval = FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(# !requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) # install.packages (BiocManager) # BiocManager::安装(fCI) # #——警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - suppressPackageStartupMessages(库(fCI))库(fCI) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fci.data = data.frame(矩阵(样本(1043 * 6,3:100取代= TRUE), 1043年,6))fci.data = total.library.size.normalization (fci.data) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fci.data = data.frame(矩阵(样本(1043 * 6,3:100取代= TRUE), 1043年,6))fci.data = trim.size.normalization (fci.data) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - pkg.path = path.package (fCI)文件名=粘贴(包裹。/ extdata / Supp_Dataset_part_2路径。”txt”, 9 = " ")如果(file.exists(文件名)){fci = new fci = find.fci (“NPCI”)。目标(fci, c (1、2、3), c(4、5、6),文件名)}# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - Diff.Expr.Genes = show.targets (fci)头(Diff.Expr.Genes) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -数据(fci) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fci = find.fci。目标(fci, c(1、2), 5、文件名)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(file.exists(文件名)){Diff.Expr.Genes = fCI.call.by.index (c (1、2、3), c(4、5、6),文件名)头(Diff.Expr.Genes)} # #——结果=“黑名单”- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fci.data = data.frame(矩阵(样本(1043 * 6,3:100取代= TRUE), 1043年,6))# #——警告= FALSE,消息= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(fci) fci = = find.fci新(“NPCI”)目标。目标(fci, c (1、2、3), c (4、5、6), fci.data) Diff.Expr.Genes = show.targets(目标)头(Diff.Expr.Genes)数据(目标)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fci = new (“NPCI”) filename2 =粘贴(包裹。/ extdata / proteoGenomics路径。”txt”, 9 = " ")如果(file.exists (filename2)) {= find.fci目标。目标(fci,(1:2,七8)列表,列表(5:6,十一12),filename2) Diff.Expr.Genes = show.targets(目标)头(Diff.Expr.Genes)} # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - proteogenomic.data =阅读。csv (filename2, 9 = \ t)头(proteogenomic.data) # # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - fci = new (“NPCI”) fci = setfCI (fci,七8,十一12,seq(= 1.1, = 3 = 0.1),真的)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -如果(file.exists (filename2)) {fci = find.fci。目标(fci,七8,十一12 filename2)头(show.targets (fci))}数据(fci)