### R代码来自小插图来源的S4VectorsOverview。Rnw ' ################################################### ### 代码块1号:风格 ################################################### BiocStyle::乳胶(use.unsrturl = FALSE ) ################################################### ### 代码块2号:选项 ################################################### 选项(宽度= 72 ) ################################################### ### 代码块3号:安装(eval = FALSE ) ################################################### ## 如果(!需要(“BiocManager”))# # install.packages(“BiocManager”)# # BiocManager::安装(“S4Vectors ") ################################################### ### 代码块数量4:初始化 ################################################### 库(S4Vectors ) ################################################### ### 代码块5号:Rle-extends-Vector ################################################### showClass(“Rle ") ################################################### ### 代码块6号:初始化 ################################################### set.seed(0)λ< - c(代表(0.001,4500),seq(0.001, 10,长度= 500),seq(10, 0.001,长度= 500)xVector < - rpois (1 e7,λ)yVector < - rpois (1) e7,λ(c(251:长度(λ),摘要)])xRle < - Rle yRle < Rle (yVector (xVector) ) ################################################### ### 代码块7号:basic-ops ################################################### 长度(xRle) xRle [1] zRle < - c (xRle yRle ) ################################################### ### 代码块8号:seq-extraction ################################################### xSnippet < -窗口(xRle、4751、4760)xSnippet头(xSnippet)尾(xSnippet)牧师(xSnippet)代表(xSnippet 2)子集(xSnippet, xSnippet > = 5 l ) ################################################### ### 代码块9号:seq-concatenate ################################################### c (xSnippet牧师(xSnippet))追加(xSnippet, xSnippet = 3 ) ################################################### ### 代码块10号:聚合 ################################################### xSnippet聚合(xSnippet开始= 1:8,宽度= 3,有趣=值 ) ################################################### ### 代码块11号:shiftApply-cor ################################################### 软木(xRle yRle)变化< - seq = 3(235、265)可儿家族< shiftApply(转移、yRle xRle,有趣=软木 ) ################################################### ### 代码块12号:figshiftcorrs ################################################### 情节(变化,可儿家族 ) ################################################### ### 代码块13号:Rle-vector-compare ################################################### as.vector (object.size (xRle) / object.size (xVector))相同(as.vector (xRle) xVector ) ################################################### ### 代码块14号:Rle-accessors ################################################### 头(runValue (xRle))头(runLength (xRle )) ################################################### ### 代码块数量15:Rle-ops ################################################### xRle > 0 xRle + yRle xRle > 0 | yRle > 0 ################################################### ### 代码块数量16:Rle-summary ################################################### 范围(xRle)和(xRle > 0 | yRle > 0 ) ################################################### ### 代码块数量17: Rle-math ################################################### log1p(xRle) ################################################### ### code chunk number 18: Rle-cor ################################################### cor(xRle, yRle) shiftApply(249:251, yRle, xRle, FUN=function(x, y) {var(x, y) / (sd(x) * sd(y))}) ################################################### ### code chunk number 19: DataFrame-extends-List ################################################### showClass("DataFrame") ################################################### ### code chunk number 20: DataFrame ################################################### df <- DataFrame(x=xRle, y=yRle) sapply(df, class) sapply(df, summary) sapply(as.data.frame(df), summary) endoapply(df, `+`, 0.5) ################################################### ### code chunk number 21: SessionInfo ################################################### sessionInfo()