# # - - - - -选项,包括= FALSE,回声= FALSE - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(BiocStyle) knitr:: opts_chunk设置美元(= FALSE警告、错误= FALSE消息= FALSE) # #——construct1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -库(LoomExperiment)计数< -矩阵(rpois(100年,λ= 10),ncol = 10, nrow = 10) sce < - SingleCellExperiment(化验=列表(数量=计数))scle < - SingleCellLoomExperiment (sce) # #或scle < - LoomExperiment (sce) # #——construct2 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - scle < - SingleCellLoomExperiment(化验=列表(数量=计数))# #——强迫- - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - scle <——(预计,“SingleCellLoomExperiment”) scle # #——load_l1 - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - l1_file < -系统。文件(“extdata”、“L1_DRG_20_example。织机”,包= " LoomExperiment”) scle < -进口(l1_file、类型=“SingleCellLoomExperiment”) scle # #——construct_LoomGraph - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - < - c (1、2、3) b < - c (3,2,1) w < - c (100、10、1) df < - DataFrame (a、b、w) lg <——(df,“LoomGraph”) # #或lg < - LoomGraph (a, b,体重= w) lg # #——subset_LoomGraph - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - lg (c (1、2)) lg (- c (2)) # #——construct_LoomGraphs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - lgs < - LoomGraphs (lg、lg)的名字(lgs) < - c (‘lg1’,‘lg2) lgs # #——get_col_row_graphs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - colGraphs (scle) rowGraphs (scle) # #——replace_LoomGraphs - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - colGraphs (scle) < - lgs rowGraphs (scle) < - lgs colGraphs (scle) rowGraphs (scle) colGraphs (scle) [[1]] rowGraphs (scle) [[1]] # #——subset_LoomExperiment - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - scle2 < - scle (c (1,3), 1:2) colGraphs (scle2) [[1]] rowGraphs (scle2) [[1]] # #——rbind_LoomExperiment - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - scle3 < - rbind (scle scle) scle3 colGraphs (scle3) rowGraphs (scle3) colGraphs (scle3) [[1]] rowGraphs (scle3) [[1]] # #——export_LoomExperiment - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - -临时< - tempfile (fileext = .loom)出口(scle2、临时)# # - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - - sessionInfo ()