调用deepSNV——subclonal R包变体。改变1.13.8更新*海鸥毫升(尼Marticorena) * Rhtslib支持(David Jones)的变化版本1.11.1修正*报告正确的表在总结(…、价值= " VCF ");感谢大卫Gacquer。1.7.4变化版本(2013-09-28)更新控制* *只使用前狄利克雷改变版本号为1.99。1.7 x。2.0 x(不是:)的变化版本1.99.3(2013-07-25)更新*几变化海鸥装饰图案π*重命名参数。基因和π。backgr makePrior()修正*固定错误bf2Vcf()当没有变异的变化版本1.99.2(2013-07-11)更新*更新引用*添加详细选择bam2R抑制输出*模式()改为“整数”loadAllData价值()修正*固定错误当只有一个变体叫做bf2Vcf()版本变化1.99.1(2013-06-25)更新*使用knitr漂亮小品文*包括海鸥装饰图案修正*固定问题删除bf2Vcf () * makePrior()添加背景在所有网站的变化版本1.99.0(2013-04-30)更新*新的海鸥算法*包括VCF输出通过总结(deepSNV、价值=“VCF”)变化v1.3.3(2012-09-14)更新*更新biocViews * *改变引用*更新文档使用roxygen2生成手册页的变化版本1.3.2(2012-04-10)更新*新猛击,相同版本1.2.3变化1.2.3固定装饰图案(2012-04-10)修正* *跳几个数字由于自动化bioc版本编号的变化版本1.0.0(2012-03-29)更新* *添加引用文件(这个文件)R-readable *新闻改变了装饰图案的变化版本0.99.3修正*固定误差在总结没有明显SNVs时()。*一些补丁如果只有单个列的对齐选中版本变化0.99.2(2012-01-20)更新*改变阴谋S3方法(为了避免警告R-devel)的变化版本0.99.1(2012-01-06)更新*添加小本示例文件测试。bam,控制。bam与100个职位。bam2R *修改手册页()()* *修改手册页获得坐标修正的例子consensusSequence() *压缩.RData文件工具::resaveRdaFiles *附加数据改变了装饰图案,而不是远程加载。*参数deepSNV的“区域”可以是一个农庄组织对象。 Changes in version 0.99.0 (2011-12-21) Updates * Added BiocViews field * Added HIVmix data * Added new examples * Registered bam2R with R_registerRoutines * New accessor functions "test", "control", "p.val", and "coordinates" * Updated vignette Changes in version 0.9.5 Updates * "summary" now reports additional columns from regions slot. Bugfixes * drop=FALSE in subsetting and summary. Changes in version 0.9.4 Updates * Directly link to static samtools library provided by Rsamtools * Load example .bam files over http Changes in version 0.9.3 * Added beta-binomial model * Extended documentation * Use summary instead of significantSNV Changes in version 0.9.2 * Minor bugfixes Changes in version 0.9.1 Minor bugfixes Changes in version 0.9.0 Pre-release