Zinbwave

doi:10.18129/b9.bioc.zinbwave

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Zinbwave

RNA-seq数据的零泄漏的负二项式模型

生物导体版本:3.12

实现通用且灵活的零膨胀的负二项模型,该模型可用于提供单细胞RNA-seq数据的低维表示。该模型解释了零通货膨胀(辍学),过度分散和数据的计数性质。该模型还解释了库大小的差异以及批处理效果和/或其他协变量的差异,从而避免了对数据进行预伸缩的需求。

作者:Davide Risso [AUT,CRE,CPH],Svetlana Gribkova [aut],Fanny Perraudeau [aut],Jean-Philippe Vert [aut],Clara Bagatin [aut]

维护者:davide risso

引用(从r内,输入引用(“ zinbwave”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ zinbwave”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Zinbwave”)

html R脚本 Zinbwave Vignette
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 维度,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,rnaseq,,,,测序,,,,Singlecell,,,,软件,,,,转录组学
版本 1.12.0
在生物导体中 Bioc 3.6(R-3.4)(3.5岁)
执照 艺术2.0
要看 R(> = 3.4),方法,总结性特征,,,,Singlecellexperiment
进口 生物比较,,,,软增生,统计GeneFilter,,,,EDGER,,,,矩阵
链接
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试,,,,矩阵,,,,马格里特,,,,scrnaseq,,,,GGPLOT2,,,,Biomart,,,,生物使用,,,,RTSNE,,,,deseq2,,,,Seurat
系统要求
增强
URL
BugReports https://github.com/drisso/zinbwave/issues
取决于我
进口我 簇发酵,,,,SCBFA,,,,Singlecelltk
建议我 桅杆,,,,飞溅
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 Zinbwave_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 zinbwave_1.12.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) Zinbwave_1.12.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zinbwave
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/zinbwave
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/zinbwave/
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