zFPKM

DOI:10.18129 / B9.bioc.zFPKM

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅zFPKM

一套功能促进zFPKM转换

Bioconductor版本:3.12

执行zFPKM变换RNA-seq FPKM数据。该算法是基于出版的哈特et al ., 2013 (Pubmed ID 24215113)。参考建议使用zFPKM > 3选择表达基因。打开/关闭染色体编码数据进行验证。适用于基因水平数据使用FPKM或TPM。没有出现数据校准的记录水平。

作者:罗恩·里奇(aut (cre),约翰•汤普森(aut)

维护人员:罗恩Ammar <罗恩。见bms.com >

从内部引用(R,回车引用(“zFPKM”)):

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“zFPKM”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“zFPKM”)

HTML R脚本 介绍zFPKM转换
PDF 参考手册
文本 新闻
文本 许可证

细节

biocViews FeatureExtraction,GeneExpression,ImmunoOncology,RNASeq,软件
版本 1.12.0
Bioconductor自 BioC 3.6 (r - 3.4)(3.5年)
许可证 GPL-3 |文件许可证
取决于 R (> = 3.4.0)
进口 使彻底失败,dplyr,ggplot2,tidyr,SummarizedExperiment
链接
建议 knitr,limma,刨边机,GEOquery,stringr,printr
SystemRequirements
增强了
URL https://github.com/ronammar/zFPKM/
BugReports https://github.com/ronammar/zFPKM/issues
取决于我
进口我 DGEobj.utils
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包 zFPKM_1.12.0.tar.gz
Windows二进制 zFPKM_1.12.0.zip
macOS 10.13(高山脉) zFPKM_1.12.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/zFPKM
源库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:包/ zFPKM
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/zFPKM/
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  • 支持网站——关于Bioconductor包的问题
  • 正常词 开发人员邮件列表,包bob电竞体育官网