Wavcluster

doi:10.18129/b9.bioc.wavcluster

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Wavcluster

PAR-CLIP数据中RNA蛋白相互作用位点的敏感且高度分辨的鉴定

生物导体版本:3.12

该软件包提供了用于分析PAR-CLIP数据的集成管道。首先,通过非参数混合模型将PAR-CLIP诱导的过渡与测序误差,SNP和其他非实验源区分开。然后在高分辨率下解决蛋白质结合位点(簇),并使用严格的贝叶斯框架估算簇统计。结果的后处理,UCSC基因组浏览器可视化和基序搜索分析的数据导出。此外,该软件包允许集成RNA-seq数据以估计群集检测的错误发现率。密钥函数支持并行多重点计算。注意:虽然WavCluster设计用于PAR-CLIP数据分析,但它可以应用于从诱导核苷酸取代的实验程序获得的其他NGS数据(例如Bisseq)。

作者:Federico Comoglio和Cem Sievers

维护者:gmail.com上的federico comoglio

引用(从r内,输入引用(“ Wavcluster”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ wavcluster”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ WavCluster”)

html R脚本 WAVCLUSTER:用于PAR-CLIP数据分析的工作流程
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 贝叶斯,,,,免疫学,,,,Ripseq,,,,rnaseq,,,,测序,,,,软件,,,,技术
版本 2.24.0
在生物导体中 Bioc 3.0(R-3.1)(6。5年)
执照 GPL-2
要看 r(> = 3.2),基因组机(> = 1.31.8),rsamtools
进口 方法,生物基因,,,,S4VECTORS(> = 0.17.25),iranges(> = 2.13.12),生物弦(> = 2.47.6),foreach,,,,GenomicFeatures(> = 1.31.3),GGPLOT2,,,,HMISC,,,,mclust,,,,rtracklayer(> = 1.39.7),seqinr,,,,Stringr
链接
建议 生物使用,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,bsgenome.hsapiens.ucsc.hg19
系统要求
增强 DOMC
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 wavcluster_2.24.0.tar.gz
Windows二进制 wavcluster_2.24.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) wavcluster_2.24.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/wavcluster
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:包装/wavcluster
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/wavcluster/
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