VSN

doi：10.18129/b9.bioc.vsn

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅VSN。

微阵列数据的方差稳定和校准

生物导体版本：3.12

该软件包实现了一种使微阵列强度归一化的方法，并适用于单色和多色阵列。只要它们具有相似的格式，它也可以用于其他技术的数据。该方法使用添加剂型误差模型和仿射校准的最大可能性估计量的鲁棒变体。该模型结合了数据校准步骤（又称归一化），这是依赖差异对平均强度和方差稳定数据转换的模型。转化强度之间的差异类似于“归一化对数主相关”。但是，与后者相反，它们的方差与均值无关，并且通常在检测差异转录时更敏感和特异性。

作者：Wolfgang Huber，来自Anja von Heydebreck的贡献。承认用户的许多评论和建议，其中包括Dennis Kostka，David Kreil，Hans-Ulrich Klein，Robert Gentleman，Deepayan Sarkar和Gordon Smyth

维护者：wolfgang huber

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ vsn”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ VSN”）

html	R脚本	VSN简介（HTML版本）
PDF	R脚本	VSN的似然计算
PDF		通过模拟数据验证和评估性能
PDF		参考手册
文本		消息

细节

生物浏览	微阵列，，，，Onechannel，，，，预处理，，，，软件，，，，两通道
版本	3.58.0
在生物导体中	Bioc 1.6（R-2.1）或更早（> 16年）
执照	艺术2.0
要看	r（> = 3.4.0），生物酶
进口	方法，副词，，，，林玛，，，，格子，，，，GGPLOT2
链接
建议	Affydata，，，，HGU95AV2CDF，，，，生物使用，，，，尼特，，，，dplyr，，，，测试
系统要求
增强
URL	http://www.r-project.orghttp://www.ebi.ac.uk/huber
取决于我	艾爱，，，，CellHTS2，，，，mmpalatemirna，，，，rnaseqgene，，，，Webbioc
进口我	ArrayQualityMetrics，，，，coexnet，，，，达帕尔，，，，dep，，，，Doscheda，，，，表达式正式工作流，，，，ImageHts，，，，metaseqr，，，，metaseqr2，，，，MSNBase，，，，普通剂，，，，PVCA，，，，林戈，，，，蒂格拉里
建议我	adsplit，，，，Beadarray，，，，生物探测，，，，deseq，，，，deseq2，，，，雌激素，，，，流量，，，，GGBIO，，，，Globalancova，，，，全球测试，，，，林玛，，，，Lumi，，，，mscoreutils，，，，PAA，，，，qfeatures，，，，暮
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	vsn_3.58.0.tar.gz
Windows二进制	vsn_3.58.0.zip（32-和64位）
MacOS 10.13（高山脉）	vsn_3.58.0.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/vsn
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/vsn
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/vsn/
软件包下载报告	下载统计