trena

DOI:10.18129 / B9.bioc.trena

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见trena

利用基因表达、先验、机器学习来拟合转录调节网络

Bioconductor版本:3.12

重建转录调控网络的方法,特别是在具有全基因组TF结合位点信息的物种中。

作者:Seth Ament < Seth。ament at systemsbiology.org>, Paul Shannon , Matthew Richards < mrrichard at systemsbiology.org>

维护者:Paul Shannon < Paul .thurmond。香农在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“trena”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("trena")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“trena”)

超文本标记语言 R脚本 TReNA简介
超文本标记语言 案例研究四:GATA2在红细胞生成中的一种新型调节因子?
超文本标记语言 案例研究一:在散装RNA-seq中重现GATA1对NFE2的已知调控
超文本标记语言 案例研究三:在散装RNA-seq中重现GATA1对NFE2的已知调控
超文本标记语言 案例研究2在赤曲位点RNA-seq中再现了GATA1对NFE2的已知调控
超文本标记语言 R脚本 探索输出控件
超文本标记语言 R脚本 小插图例子
超文本标记语言 R脚本 TRENA:基因调控的计算预测
PDF 参考手册
文本 新闻

细节

biocViews FeatureExtractionGeneExpressionGeneRegulationNetworkInference回归软件SystemsBiology转录
版本 1.12.1
在Bioconductor BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证 GPL-3
取决于 R (>= 3.5.0), utils,glmnet(> = 2.0.3),MotifDb(> = 1.19.17)
进口 RSQLiteRMySQLlassopvrandomForestvbsrxgboostBiocParallelRPostgreSQL、方法、DBIBSgenomeBSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38org.Hs.eg.dbBiostringsGenomicRangesbiomaRtAnnotationDbi
链接
建议 RUnitplyrknitrBiocGenericsrmarkdownBSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9
SystemRequirements
增强了
URL https://pricelab.github.io/trena/
BugReports https://github.com/PriceLab/trena/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
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包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 trena_1.12.1.tar.gz
Windows二进制 trena_1.12.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra) trena_1.12.1.tgz
源库 Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trena
源存储库(开发人员访问) Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/trena
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/trena/
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