trena

DOI:10.18129 / B9.bioc.trena

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见trena．

利用基因表达、先验、机器学习来拟合转录调节网络

Bioconductor版本:3.12

重建转录调控网络的方法，特别是在具有全基因组TF结合位点信息的物种中。

作者:Seth Ament < Seth。ament at systemsbiology.org>， Paul Shannon ， Matthew Richards < mrrichard at systemsbiology.org>

维护者:Paul Shannon < Paul .thurmond。香农在gmail.com>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("trena")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“trena”)

超文本标记语言	R脚本	TReNA简介
超文本标记语言		案例研究四:GATA2在红细胞生成中的一种新型调节因子?
超文本标记语言		案例研究一:在散装RNA-seq中重现GATA1对NFE2的已知调控
超文本标记语言		案例研究三:在散装RNA-seq中重现GATA1对NFE2的已知调控
超文本标记语言		案例研究2在赤曲位点RNA-seq中再现了GATA1对NFE2的已知调控
超文本标记语言	R脚本	探索输出控件
超文本标记语言	R脚本	小插图例子
超文本标记语言	R脚本	TRENA:基因调控的计算预测
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	FeatureExtraction，GeneExpression，GeneRegulation，NetworkInference，回归，软件，SystemsBiology，转录
版本	1.12.1
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-3
取决于	R (>= 3.5.0)， utils，glmnet(> = 2.0.3),MotifDb(> = 1.19.17)
进口	RSQLite，RMySQL，lassopv，randomForest，vbsr，xgboost，BiocParallel，RPostgreSQL、方法、DBI，BSgenome，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg38，BSgenome.Hsapiens.UCSC.hg19，BSgenome.Mmusculus.UCSC.mm10，SNPlocs.Hsapiens.dbSNP150.GRCh38，org.Hs.eg.db，Biostrings，GenomicRanges，biomaRt，AnnotationDbi
链接
建议	RUnit，plyr，knitr，BiocGenerics，rmarkdown，BSgenome.Scerevisiae.UCSC.sacCer3，BSgenome.Athaliana.TAIR.TAIR9
SystemRequirements
增强了
URL	https://pricelab.github.io/trena/
BugReports	https://github.com/PriceLab/trena/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	trena_1.12.1.tar.gz
Windows二进制	trena_1.12.1.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	trena_1.12.1.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/trena
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/trena
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/trena/
软件包下载报告	下载数据