topdownr

DOI:10.18129 / B9.bioc.topdownr

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见topdownr．

自上而下蛋白质组学中碎片化条件的研究

Bioconductor版本:3.12

自上而下的包允许自动和系统地调查碎片条件。它创建Thermo Orbitrap Fusion Lumos方法文件来测试数百种碎片条件。此外，它还提供了分析和处理生成的MS数据的功能，并确定最佳条件以最大化整体片段覆盖率。

作者:塞巴斯蒂安·吉布[aut, cre]，帕维尔·施里亚哈[au]， Ole Nørregaard Jensen [au]

维护者:Sebastian Gibb <邮件在sebastiangibb.de>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("topdownr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“topdownr”)

超文本标记语言	R脚本	数据生成topdownr
超文本标记语言	R脚本	用topdownr分析碎片
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文本		新闻

细节

biocViews	报道，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，蛋白质组学，软件
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL (>= 3)
取决于	R(>= 3.5)，方法，BiocGenerics(> = 0.20.0),ProtGenerics(> = 1.10.0),Biostrings(> = 2.42.1),S4Vectors(> = 0.12.2)
进口	grDevices, stats, tools, utils，Biobase，矩阵(> = 1.2.10),MSnbase(> = 2.3.10),ggplot2(> = 2.2.1),mzR(> = 2.11.4)
链接
建议	topdownrdata(> = 0.2),knitr，管理员，testthat，BiocStyle，xml2
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/sgibb/topdownr/
BugReports	https://github.com/sgibb/topdownr/issues/
全靠我	topdownrdata
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	topdownr_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	topdownr_1.12.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	topdownr_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topdownr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/topdownr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/topdownr/
软件包下载报告	下载数据