TopConfects

doi:10.18129/b9.bioc.topconfects

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅TopConfects

最高自信的效果大小

生物导体版本:3.12

通过自信效应大小进行排名,同时保持虚假发现率和错误的覆盖范围控制率。TopConfects是对治疗结果的替代表现,具有提高的可用性,消除了P值,而是提供置信度范围。主要应用程序是差异基因表达分析,以自信的log2折叠变化顺序排名,但可以将其应用于与相关标准误差的任何效应大小的集合。

作者:保罗·哈里森[AUT,CRE]

维护者:Paul Harrison

引用(从r内,输入引用(“ TopConfects”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ topconfects”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

BrowseVignettes(“ TopConfects”)

html R脚本 TopConfects的概述
html R脚本 自信的折叠更改
PDF 参考手册
文本 消息
文本 执照

细节

生物浏览 差异性,,,,基因表达,,,,多重组合,,,,rnaseq,,,,回归,,,,软件,,,,转录组学,,,,Mrnamicroarray
版本 1.6.0
在生物导体中 Bioc 3.9(R-3.6)(2年)
执照 LGPL-2.1 |文件执照
要看 R(> = 3.6.0)
进口 方法,utils,stats,断言,,,,GGPLOT2
链接
建议 林玛,,,,EDGER,,,,Statmod,,,,deseq2,,,,阿什,,,,NBPSEQ,,,,dplyr,,,,测试,,,,RESHAPE2,,,,花花公子,,,,readr,,,,org.at.tair.db,,,,AnnotationDbi,,,,尼特,,,,rmarkDown,,,,生物使用
系统要求
增强
URL https://github.com/pfh/topconfects
BugReports https://github.com/pfh/topconfects/issues
取决于我
进口我 metavolcanor,,,,Weitrix
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 topConfects_1.6.0.tar.gz
Windows二进制 topConfects_1.6.0.zip
MacOS 10.13(高山脉) topConfects_1.6.0.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topconfects
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/topconfects
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/topconfects/
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