topGO

DOI:10.18129 / B9.bioc.topGO

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见topGO

基因本体的富集分析

Bioconductor版本:3.12

topGO包提供了测试GO术语的工具,同时考虑GO图的拓扑结构。可以实现和应用不同的测试统计数据和消除GO术语之间的局部相似性和依赖性的不同方法。

作者:Adrian Alexa, Jorg Rahnenfuhrer

维护者:Adrian Alexa < Adrian。Alexa在gmail.com>

引文(从R内,输入引用(“topGO”)):

安装

要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("topGO")

对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:

browseVignettes(“topGO”)

PDF R脚本 topGO
PDF 参考手册

细节

biocViews 微阵列软件可视化
版本 2.42.0
在Bioconductor BioC 2.0 (R-2.5)(14年)
许可证 LGPL
取决于 R(>= 2.10.0),方法,BiocGenerics(> = 0.13.6),(> = 1.14.0),Biobase(> = 2.0.0),GO.db(> = tripwire),AnnotationDbi(> = 1.7.19),SparseM(> = 0.73)
进口 晶格matrixStatsDBI
链接
建议 所有hgu95av2.dbhgu133a.dbgenefilterxtableRgraphvizglobaltest
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我 BgeeDBccTutorialcellTreecompEpiToolsEGSEA理想的maEndToEndRNAithertRanslatome
进口我 BioMMcellityFoldGOGOSimOmaDBpcaExplorerpsygenet2rtranscriptogramerViSEAGO
建议我 FGNetIntramiRExploreRmiRNAtap林格
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包 topGO_2.42.0.tar.gz
Windows二进制 topGO_2.42.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra) topGO_2.42.0.tgz
源库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/topGO
源存储库(开发人员访问) git克隆git@git.bioconductor.org:packages/topGO
包短Url //www.anjoumacpherson.com/packages/topGO/
软件包下载报告 下载数据

文档»

Bioconductor

R/凹口包和文档

支持»

请细阅发布指南.将有关Bioconductor的问题发送到以下位置之一:

  • 支持网站-询问有关Bioconductor封装的问题
  • 正常词 邮件列表——供包开发人员使用bob电竞体育官网