tofsims

DOI:10.18129 / B9.bioc.tofsims

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见tofsims．

飞行时间次级离子质谱(ToF-SIMS)成像数据的导入、处理和分析

Bioconductor版本:3.12

该软件包提供了ToF-SIMS 2D图像数据导入、处理和分析的管道。支持Iontof和ulac - phi导入原始数据或预处理数据。对于原始数据，存在质量校准、峰值选取和峰值积分。一般功能包括数据分箱，缩放，图像子集和可视化。实现了ToF-SIMS社区中常见的一系列多元工具(PCA, MCR, MAF, MNF)。生物导体图像处理包EBImage的接口提供了图像分割功能。

作者:Lorenz Gerber, Viet Mai Hoang

维护者:Lorenz Gerber

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("tofsims")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“tofsims”)

超文本标记语言	R脚本	使用' tofsims '包的工作流
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DataImport，ImagingMassSpectrometry，ImmunoOncology，基础设施，MassSpectrometry，代谢组学，蛋白质组学，软件
版本	1.18.0
在Bioconductor	BioC 3.3 (R-3.3)(5年)
许可证	GPL-3
取决于	R(>= 3.3.0)，方法，utils，ProtGenerics
进口	Rcpp(> = 0.11.2),肌萎缩性侧索硬化症，阿尔萨斯，信号，KernSmooth，图形，grDevices，统计
链接	Rcpp，RcppArmadillo
建议	EBImage，knitr，rmarkdown，testthat，tofsimsData，BiocParallel，RColorBrewer
SystemRequirements
增强了	平行
URL	https://github.com/lorenzgerber/tofsims
BugReports	https://github.com/lorenzgerber/tofsims/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	tofsims_1.18.0.tar.gz
Windows二进制	tofsims_1.18.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	tofsims_1.18.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tofsims
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/tofsims
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tofsims/
软件包下载报告	下载数据