tigre

DOI:10.18129 / B9.bioc.tigre

这个包是3.12版本Bioconductor;的稳定,最新的发布版本,请参阅tigre。

转录因子通过高斯过程推理重建的表达

Bioconductor版本:3.12

tigre包实现了我们的方法的高斯过程的微分方程模型来分析基因表达时间序列从单一输入主题网络。包可以用于推断未被注意的转录因子(TF)蛋白质浓度测量已知目标基因的表达,或候选人排名目标特遣部队。

作者:Antti Honkela,裴高,Jonatan Ropponen, Miika-Petteri Matikainen,马格努斯寻求资助,尼尔·d·劳伦斯

维护人员:Antti Honkela <管理。在helsinki.fi honkela >

安装

安装这个包,开始R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace (“BiocManager”,悄悄地= TRUE)) install.packages (“BiocManager”) BiocManager::安装(“tigre”)

R的旧版本,请参考适当的Bioconductor释放。

文档

查看文档的版本这个包安装在您的系统,开始R和输入:

browseVignettes (“tigre”)

PDF	R脚本	tigre用户指南
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	贝叶斯,GeneExpression,GeneRegulation,微阵列,NetworkInference,软件,TimeCourse,转录
版本	1.44.0
Bioconductor自	BioC 2.6 (r - 2.11)(11年)
许可证	AGPL-3
取决于	R (> = 2.11.0),BiocGenerics,Biobase
进口	方法,AnnotationDbi,gplots、图形、grDevices统计,跑龙套,注释,DBI,RSQLite
链接
建议	drosgenome1.db,彪马,光民,BiocStyle,BiocManager
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/ahonkela/tigre
BugReports	https://github.com/ahonkela/tigre/issues
取决于我
进口我
建议我
我的链接
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 指示在R会话中使用这个包。

源包	tigre_1.44.0.tar.gz
Windows二进制	tigre_1.44.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13(高山脉)	tigre_1.44.0.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/tigre
源库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:包/老虎
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/tigre/
包下载报告	下载数据