Systempiper

doi：10.18129/b9.bioc.systempiper

该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅Systempiper。

Systempiper：NGS工作流程和报告生成环境

生物导体版本：3.12

R包用于构建和运行自动端到端分析工作流程，用于广泛的下一代序列（NGS）应用程序，例如RNA-SEQ，CHIP-SEQ，VAR-SEQ和RIBO-SEQ。重要功能包括跨不同NGS应用程序的统一工作流界面，自动报表生成以及对运行R和命令行软件的支持，例如NGS Aligners或Peak/variant Callers，在本地计算机或计算群集上。一致实现的样本注释基础架构促进了对复杂样品集和实验设计的有效处理。使用Systempiper的说明在概述小插图（HTML）中给出。下面链接的其余小插曲是常见NGS用例的工作流模板。

作者：托马斯·吉尔克（Thomas Girke）

维护者：thomas girke

安装

要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：

if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ systempiper”）

对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：

Browsevignettes（“ Systempiper”）

html	R脚本	Systempiper：工作流程设计和报告生成环境
html	R脚本	Systempiper：工作流程集合
PDF		参考手册
文本		读书我
文本		消息

细节

生物浏览	结盟，，，，chipseq，，，，覆盖范围，，，，DataImport，，，，基因表达，，，，基因烯，，，，遗传学，，，，免疫学，，，，基础设施，，，，甲基，，，，QualityControl，，，，rnaseq，，，，报告写作，，，，核糖，，，，SNP，，，，测序，，，，软件，，，，工作流程
版本	1.24.6
在生物导体中	Bioc 3.0（R-3.1）（6。5年）
执照	艺术2.0
要看	rsamtools（> = 1.31.2），生物弦，，，，Shortread（> = 1.37.1），方法
进口	基因组机，，，，GenomicFeatures（> = 1.31.3），总结性特征，，，，变体（> = 1.25.11），rjson，，，，GGPLOT2，，，，林玛，，，，EDGER，，，，deseq2，，，，gostats，，，，go.db，，，，注释，，，，pheatmap，，，，批处理，，，，Yaml，，，，Stringr，，，，断言，，，，马格里特，，，，点，，，，RSVG，，，，iranges
链接
建议	生物基因，，，，猿，，，，运行，，，，生物使用，，，，尼特，，，，rmarkDown，，，，Biomart，，，，生物比较，，，，生物管理器，，，，SystemPiperData，，，，基因组签名， 网格
系统要求	SystemPiper可用于运行外部命令行软件（例如，简短读取对准器），但是需要在系统上安装相应的工具。
增强
URL	https://girke.bioinformatics.ucr.edu/systempiper/
取决于我
进口我	差异，，，，rnaseqr
建议我	SystemPiperData，，，，SystemPipeshiny
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包	SystemPiper_1.24.6.tar.gz
Windows二进制	SystemPiper_1.24.6.zip
MacOS 10.13（高山脉）	Systempiper_1.24.6.tgz
源存储库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/systempiper
源存储库（开发人员访问）	git clone git@git.bioconductor.org：packages/systempiper
包装短URL	//www.anjoumacpherson.com/packages/systempiper/
软件包下载报告	下载统计