Srnadiff

doi:10.18129/b9.bioc.srnadiff

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅Srnadiff

从RNA-seq数据中找到差异表达的未注释的基因组区域

生物导体版本:3.12

SRNADIFF是一个软件包,在不依赖现有注释的情况下,在基础分辨率级别发现与RNA-Seq数据的区域不同。为此,包装实现了识别的 - 然后是注向方法,该方法基于结合两种管道方法的想法。

作者:Zytnicki Matthias [AUT,CRE],Gonzalez Ignacio [AUT]

维护者:zytnicki matthias

引用(从r内,输入引用(“ Srnadiff”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ srnadiff”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

Browsevignettes(“ Srnadiff”)

html R脚本 Srnadiff包
PDF 参考手册
文本 消息

细节

生物浏览 覆盖范围,,,,差异性,,,,表观遗传学,,,,基因表达,,,,免疫学,,,,预处理,,,,SmallRNA,,,,软件,,,,统计信息
版本 1.10.1
在生物导体中 Bioc 3.7(R-3.5)(3年)
执照 GPL-3
要看 R(> = 3.6)
进口 RCPP(> = 0.12.8),方法,DevTools,,,,S4VECTORS,,,,GenomeInfodB,,,,rtracklayer,,,,总结性特征,,,,iranges,,,,基因组机,,,,deseq2,,,,rsamtools,,,,GenomicFeatures,,,,基因组签名,grdevices,GVIZ,,,,生物比较,,,,生物管理器,,,,生物使用
链接 RCPP
建议 尼特,,,,rmarkDown,,,,测试
系统要求 C ++ 11
增强
URL
取决于我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 srnadiff_1.10.1.tar.gz
Windows二进制
MacOS 10.13(高山脉) srnadiff_1.10.1.tgz
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/srnadiff
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/srnadiff
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/srnadiff/
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