此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本,请参见spatialHeatmap.
Bioconductor版本:3.12
spatialHeatmap包根据数字色键对解剖图像中定义的相应空间特征进行着色,从而提供了可视化生物分析的细胞、组织和器官特定数据的功能。
作者:张建海[aut, trl, cre], Jordan Hayes [aut],张乐[aut],杨兵[aut], Wolf Frommer [aut], Julia Bailey-Serres [aut], Thomas Girke [aut]
维护者:张建海
引文(从R内,输入引用(“spatialHeatmap”)
):
要安装此包,请启动R(版本“4.0”)并输入:
如果(!requireNamespace("BiocManager", quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("spatialHeatmap")
对于R的旧版本,请参考相应的Bioconductor释放.
要查看系统中安装的此包版本的文档,请启动R并输入:
browseVignettes(“spatialHeatmap”)
超文本标记语言 | R脚本 | spatialHeatmap:可视化解剖图像和网络图中的空间分析 |
参考手册 | ||
文本 | 新闻 |
biocViews | ATACSeq,CellBasedAssays,CellBiology,聚类,DNASeq,DataRepresentation,GeneExpression,GeneTarget,GraphAndNetwork,微阵列,网络,测序,SingleCell,软件,TissueMicroarray,可视化 |
版本 | 1.0.0 |
在Bioconductor | BioC 3.12 (R-4.0)(0.5年) |
许可证 | 艺术- 2.0 |
取决于 | |
进口 | av,DESeq2,刨边机,WGCNA,flashClust,htmlwidgets,genefilter,ggplot2,ggdendro,grImport、网格gridExtra,gplots,igraph,rsvg,闪亮的,dynamicTreeCut, grDevices,图形,ggplotify,情节,的方式统计数据,SummarizedExperiment,shinydashboard跑龙套,visNetwork、方法、xml2,yaml |
链接 | |
建议 | knitr,rmarkdown,BiocStyle,RUnit,BiocGenerics,data.table,ExpressionAtlas,DT,reshape2,Biobase,GEOquery,shinyWidgets |
SystemRequirements | |
增强了 | |
URL | https://github.com/jianhaizhang/spatialHeatmap |
BugReports | https://github.com/jianhaizhang/spatialHeatmap/issues |
全靠我 | |
进口我 | |
建议我 | |
链接到我 | |
构建报告 |
遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。
源包 | spatialHeatmap_1.0.0.tar.gz |
Windows二进制 | spatialHeatmap_1.0.0.zip |
macOS 10.13 (High Sierra) | spatialHeatmap_1.0.0.tgz |
源库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/spatialHeatmap |
源存储库(开发人员访问) | git克隆git@git.bioconductor.org:packages/spatialHeatmap |
包短Url | //www.anjoumacpherson.com/packages/spatialHeatmap/ |
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