soggi
doi：10.18129/b9.bioc.soggi
该包适用于生物导体的3.12版；对于稳定的最新版本，请参阅soggi。
可视化chip-seq，mnase-seq和基序的出现为汇总的基因组间隔的汇总图
生物导体版本：3.12
SOGGI软件包提供了一个工具集来创建来自BAM和BAM和Bigwig文件以及PWM，RLELIST，GRANGES和GALIGNEMENT BIOCONDEMENTS BIOCONDUCTOR对象的信号或基序的基因组间隔聚合/摘要图。Soggi允许在摘要绘图对象和摘要之间以及通过Granges对象和用户提供的元数据对图进行分组和子集的标准化，转换和算术操作。使用GGPLOT2 LIBARY创建图，以允许用户定义的返回图对象的操纵。结合在一起，soggi采用了一组广泛的方法，可在基因组间隔（例如基因，超增强剂和转录因子结合事件）的背景下可视化基因组学数据。
作者：Gopuraja Dharmalingam，Doug Barrows，Tom Carroll
维护者：汤姆·卡罗尔（Tom Carroll）
引用（从r内，输入引用（“ soggi”））：
安装
要安装此软件包，请启动R（版本“ 4.0”）并输入：
if（！sireseenamespace（“ biocmanager”，悄悄= true））install.packages（“ biocmanager”）biocmanager :: install（“ soggi”）
对于R的较旧版本，请参考适当的生物导体释放。
文档
要查看系统中安装此软件包的版本的文档，请启动R并输入：
Browsevignettes（“ Soggi”）
| R脚本 | soggi | |
| 参考手册 | ||
| 文本 | 消息 |
细节
| 生物浏览 | chipseq，，，，覆盖范围，，，，测序，，，，软件 |
| 版本 | 1.22.0 |
| 在生物导体中 | Bioc 3.1（R-3.2）（6年） |
| 执照 | GPL（> = 3） |
| 要看 | r（> = 3.2.0），生物基因，，，，总结性特征 |
| 进口 | 方法，RESHAPE2，，，，GGPLOT2，，，，S4VECTORS，，，，iranges，，，，GenomeInfodB，，，，基因组机，，，，生物弦，，，，rsamtools，，，，基因组签名，，，，rtracklayer，，，，预处理，，，，chipseq，，，，生物比较 |
| 链接 | |
| 建议 | 测试，，，，生物使用，，，，尼特 |
| 系统要求 | |
| 增强 | |
| URL | |
| 取决于我 | |
| 进口我 | profileplyr |
| 建议我 | |
| 链接到我 | |
| 构建报告 |
包装档案
跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。
| 源包 | soggi_1.22.0.tar.gz |
| Windows二进制 | soggi_1.22.0.zip |
| MacOS 10.13（高山脉） | soggi_1.22.0.tgz |
| 源存储库 | git克隆https://git.bioconductor.org/packages/soggi |
| 源存储库（开发人员访问） | git clone git@git.bioconductor.org：packages/soggi |
| 包装短URL | //www.anjoumacpherson.com/packages/soggi/ |
| 软件包下载报告 | 下载统计 |
