snpstats

doi:10.18129/b9.bioc.snpstats

该包适用于生物导体的3.12版;对于稳定的最新版本,请参阅snpstats

SNPMATRIX和XSNPMATRIX类和方法

生物导体版本:3.12

大型SNP关联研究的类和统计方法。这扩展了早期的SNPMATRIX软件包,从而允许基因型的不确定性。

作者:David Clayton

维护者:David Clayton

引用(从r内,输入引用(“ snpstats”)):

安装

要安装此软件包,请启动R(版本“ 4.0”)并输入:

if(!sireseenamespace(“ biocmanager”,悄悄= true))install.packages(“ biocmanager”)biocmanager :: install(“ snpstats”)

对于R的较旧版本,请参考适当的生物导体释放

文档

要查看系统中安装此软件包的版本的文档,请启动R并输入:

browsevignettes(“ snpstats”)

PDF R脚本 数据输入
PDF R脚本 FST
PDF R脚本 插补和荟萃分析
PDF R脚本 LD统计
PDF R脚本 主要组件分析
PDF snpmatrix-differences
PDF R脚本 SNPSTATS简介
PDF R脚本 TDT测试
PDF 参考手册

细节

生物浏览 遗传因素,,,,微阵列,,,,SNP,,,,软件
版本 1.40.0
在生物导体中 Bioc 2.8(R-2.13)(10年)
执照 GPL-3
要看 r(> = 2.10.0),生存,,,,矩阵, 方法
进口 图形,grdevices,统计,utils,生物基因,,,,Zlibbioc
链接
建议 Hexbin
系统要求
增强
URL
取决于我 eqtl,,,,GGBASE,,,,ggdata
进口我 funcisnp,,,,Genegeneinter,,,,ggtools,,,,gqtlstats,,,,Gwascat,,,,ldblock,,,,马提尼,,,,RVS,,,,Scoreinvhap
建议我 crlmm,,,,Genomicfiles,,,,Gwastools,,,,Omicrexposom,,,,OMICSPRINT,,,,变体
链接到我
构建报告

包装档案

跟随bob 体育网址 在R会话中使用此软件包的说明。

源包 snpstats_1.40.0.tar.gz
Windows二进制 SNPSTATS_1.40.0.ZIP(32-和64位)
MacOS 10.13(高山脉) SNPSTATS_1.40.0.TGZ
源存储库 git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snpstats
源存储库(开发人员访问) git clone git@git.bioconductor.org:packages/snpstats
包装短URL //www.anjoumacpherson.com/packages/snpstats/
软件包下载报告 下载统计

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