snapcount

DOI:10.18129 / B9.bioc.snapcount

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见snapcount．

R/Bioconductor封装，与Snaptron接口，快速查询表达计数

Bioconductor版本:3.12

snapcount是Snaptron web服务的客户端接口，支持按基因名称或基因组区域进行查询。结果包括来自RNA-seq样本对齐的原始表达计数和/或每个样本跨一个或多个区域/基因的各种汇总表达测量(例如拼接百分比)。

作者:Rone Charles

维护者:Rone Charles

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("snapcount")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“snapcount”)

超文本标记语言	R脚本	Snapcount快速入门指南
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	报道，DataImport，GeneExpression，RNASeq，测序，软件
版本	1.2.0
在Bioconductor	BioC 3.11 (R-4.0)(1年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	R6，httr，rlang，purrr，jsonlite，为了，data.table，矩阵，magrittr、方法、stringr统计数据,IRanges，GenomicRanges，SummarizedExperiment
链接
建议	BiocManager，bit64，covr，knitcitations，knitr(> = 1.6),JunctionSeq，devtools，BiocStyle(> = 2.5.19),rmarkdown(> = 0.9.5),testthat(> = 2.1.0的)
SystemRequirements
增强了
URL	https://github.com/langmead-lab/snapcount
BugReports	https://github.com/langmead-lab/snapcount/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	snapcount_1.2.0.tar.gz
Windows二进制	snapcount_1.2.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	snapcount_1.2.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/snapcount
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/snapcount
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/snapcount/
软件包下载报告	下载数据