激流回旋

DOI:10.18129 / B9.bioc.slalom

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见激流回旋．

单细胞RNA-Seq数据的阶因潜变量建模

Bioconductor版本:3.12

slalom是一个可扩展的单细胞RNA-seq数据建模框架，它使用基因集注释来解析单细胞转录组异质性，从而能够识别细胞间变异的生物驱动因素和模型混杂因素。

作者:Florian Buettner [aut]， Naruemon Pratanwanich [aut]， Davis McCarthy [aut, cre]， John Marioni [aut]， Oliver Stegle [aut]

维护者:Davis McCarthy < Davis at ebi.ac.uk>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("slalom")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“激流回旋”)

超文本标记语言	R脚本	回转概述
PDF		参考手册
文本		新闻

细节

biocViews	DimensionReduction，GeneExpression，ImmunoOncology，归一化，RNASeq，Reactome，测序，SingleCell，软件，转录组，可视化
版本	1.12.0
在Bioconductor	BioC 3.6 (R-3.4)(3.5年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.4)
进口	Rcpp(> = 0.12.8),RcppArmadillo，黑洞，ggplot2、网格GSEABase、方法、rsvd，SingleCellExperiment，SummarizedExperiment,统计数据
链接	Rcpp，RcppArmadillo，黑洞
建议	knitr，rhdf5，嘘，testthat
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	slalom_1.12.0.tar.gz
Windows二进制	slalom_1.12.0.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	slalom_1.12.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/slalom
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/slalom
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/slalom/
软件包下载报告	下载数据