skewr

DOI:10.18129 / B9.bioc.skewr

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见skewr．

可视化强度由Illumina的人类甲基化450k串珠芯片产生

Bioconductor版本:3.12

skewr包是一种工具，用于可视化Illumina人类甲基化450k串珠芯片的输出，以帮助质量控制。它创建了一个由9个情节组成的面板。其中6个图表示由485,577个总探针的三个子集之一给出的甲基化强度或非甲基化强度的密度。这些子集包括i型红、i型绿和II型。其余三个分布给出了这三个子集的beta值的密度。9个图中的每一个都可选择地显示“rs”SNP探针的分布，以及与印迹基因相关的探针作为位于x轴上方的一系列“tick”标记。

作者:Ryan Putney [cre, aut]， Steven Eschrich [aut]， Anders Berglund [aut]

维护者:Ryan Putney

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE)) install.packages("BiocManager")::install("skewr")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“skewr”)

PDF	R脚本	串肉包装介绍
PDF		参考手册

细节

biocViews	DNAMethylation，预处理，质量控制，软件，TwoChannel
版本	1.22.0
在Bioconductor	BioC 3.1 (R-3.2)(6年)
许可证	GPL-2
取决于	R (>= 3.1.1)，methylumi，西瓜，mixsmsn，IlluminaHumanMethylation450kmanifest
进口	minfi，S4Vectors(> = 0.19.1),RColorBrewer
链接
建议	GEOquery，knitr，minfiData
SystemRequirements
增强了
URL
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	skewr_1.22.0.tar.gz
Windows二进制	skewr_1.22.0.zip
macOS 10.13 (High Sierra)	skewr_1.22.0.tgz
源库	Git克隆https://git.bioconductor.org/packages/skewr
源存储库(开发人员访问)	Git克隆git@git.bioconductor.org:packages/skewr
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/skewr/
软件包下载报告	下载数据