sitePath

DOI:10.18129 / B9.bioc.sitePath

此包适用于Bioconductor 3.12版本;有关稳定的最新发布版本，请参见sitePath．

分子进化中位点固定的检测

Bioconductor版本:3.12

该程序包根据多个序列比对和系统发育树对固定突变进行分层搜索。这些固定突变可以特定于一个系统发育世系，也可以由多个世系共享。该包还提供了树上这些突变的可视化。

作者:纪承阳[aut, cre, cph]，吴爱萍[ths]

维护者:城阳吉<城阳。Ji12在alumni.xjtlu.edu.cn>

安装

要安装此包，请启动R(版本“4.0”)并输入:

如果(!requireNamespace("BiocManager"， quiet = TRUE) install.packages("BiocManager") BiocManager::install("sitePath")

对于R的旧版本，请参考相应的Bioconductor释放．

文档

要查看系统中安装的此包版本的文档，请启动R并输入:

browseVignettes(“sitePath”)

超文本标记语言	R脚本	sitePath的介绍
PDF		参考手册
文本		新闻
文本		许可证

细节

biocViews	对齐，MultipleSequenceAlignment，系统发生学，单核苷酸多态性，软件
版本	1.6.6
在Bioconductor	BioC 3.9 (R-3.6)(2年)
许可证	MIT +文件许可证
取决于	R (>= 4.0.0)
进口	RColorBrewer，Rcpp，猿，aplot，ggplot2，ggrepel，ggtree，图形，grDevices，gridExtra，方法，并行，seqinr统计数据,tidytree,跑龙套
链接	Rcpp
建议	BiocStyle，knitr，rmarkdown，testthat
SystemRequirements
增强了
URL	https://wuaipinglab.github.io/sitePath/
BugReports	https://github.com/wuaipinglab/sitePath/issues
全靠我
进口我
建议我
链接到我
构建报告

包档案

遵循bob 体育网址 在R会话中使用此包的说明。

源包	sitePath_1.6.6.tar.gz
Windows二进制	sitePath_1.6.6.zip(32位和64位)
macOS 10.13 (High Sierra)	sitePath_1.6.6.tgz
源库	git克隆https://git.bioconductor.org/packages/sitePath
源存储库(开发人员访问)	git克隆git@git.bioconductor.org:packages/sitePath
包短Url	//www.anjoumacpherson.com/packages/sitePath/
软件包下载报告	下载数据